税理士法人
加美税理士事務所

税務調査の主な目的は、納税者が提出した確定申告書の内容を検証し、正しい納税が行われているかを確認することです。不正な所得隠しや申告漏れの抑止（ペナルティの付加や追徴課税を通じた納税意識の向上）も大きな目的となっています。

税務調査には大きく分けて2種類あります。まず、多くの歯科医院が経験するのは任意調査です。任意調査では通常、事前に税務署から電話で連絡があり、日程調整のうえで税務署職員が医院に訪問して実地調査を行います。もう一つは強制調査で、これは悪質な脱税の疑いがある場合に国税局の査察部（いわゆるマルサ）が事前通知なしに強制的に行う調査です。一般の開業医や医療法人の場合、通常は任意調査となり、強制調査に発展するケースは稀です。

また、適正に申告・納税している納税者にとって税務調査は決して恐れる必要のないものです。帳簿や証憑をしっかり整備し、誠実に対応すれば、調査官もそれを認め短期間で無事に終了します。

任意調査であっても、税務調査は年にいつでも行われる可能性があります。特に確定申告が終わった直後の4〜5月頃や、税務署・国税局の人事異動が落ち着く7〜11月頃に実施されることが多いと言われています。いずれにせよ、税務調査は突然やってくることもあるため、日頃から正しい会計処理を心がけておくことが肝心です。

税務調査の一般的な流れを把握しておきましょう。任意調査の場合、まず事前通知として税務署から電話連絡があります。「○月○日に税務調査に伺いたい」旨の連絡が入り、調査の対象期間（通常は直近○年間分の申告）や準備しておくべき帳簿類が伝えられます。日程調整後、指定された当日までに必要資料を揃えておきます。

調査当日になると、税務調査官（通常1〜2名）が来院し、調査が開始されます。まず最初に、調査官から医院の概要についてヒアリングがあります。開業の経緯や患者数・診療内容の特徴、スタッフ数など、事業の全体像を質問されるので、簡潔に説明できるよう準備しておきましょう。その後、調査官は用意した帳簿や領収書、請求書などを詳細にチェックしていきます。歯科医院の場合、調査は通常2日程度にわたって行われ、初日の終了時には「明日までに用意してほしい資料」の指示を受けることもあります。指示された追加資料があれば翌日までに準備し、2日目も引き続き確認を受けます。

税務調査後には、調査官から指摘事項の説明と修正申告の要否についての連絡があります。調査終了後、数週間〜1ヶ月ほどで結果の通知があり、問題がなければそのまま終了です。もし申告漏れや誤りが指摘された場合は、税理士と相談のうえで修正申告書を提出し、不足税額を納税しなければなりません（状況によっては過少申告加算税や延滞税などのペナルティも課されます）。過少申告加算税は追加で納める税額の10%（50万円を超える部分は15%）が課され、もし意図的な隠蔽と判断されると重加算税35%が科されるため注意が必要です。一方で指摘内容に納得できない場合は、税理士の助言のもとで追加説明や主張を行い、調査官と交渉することになります。

このように税務調査の一連の流れを理解しておけば、実際に調査の連絡が来ても落ち着いて対応しやすくなるでしょう。

歯科医院には業種特有の収入形態や経理上のクセがあり、それが税務調査のリスク要因となる場合があります。たとえば開業から3～4年目は利益が増え始め、消費税の申告・納税が始まるタイミングのため調査対象になりやすいです。(※詳しくは「消費是の特集ページ」をご参照ください。）また、自由診療が多いクリニックや複数医院を運営する医療法人など、それぞれに注意すべきポイントがあります。なお、税務調査は特に問題がなくても5年に一度程度の割合で定期的に実施されるとも言われます。日頃から適正に申告・納税している場合でも、単に「長く調査が入っていないから」という理由で対象となるケースもありますので、常に備えておくに越したことはありません。

以下では、歯科医院の状況別に具体的なリスクと対策を解説します。

これから歯科医院を開業しようと準備中の歯科医師の先生は、スタート時点での経営管理体制がその後の税務リスクに大きく影響します。開業準備の段階で気を付けるべきポイントを押さえておきましょう。

• 資金繰りと融資計画の透明化: 開業資金として金融機関から融資を受ける場合、使途を明確にし、資金の流れをきちんと記録しておきます。融資金で購入した内装工事費用や開業広告費、ユニットやレントゲン機器などの医療設備は「開業費」や固定資産として計上しますが、その領収書や契約書類は厳重に保管してください。これらは後日税務調査で確認を求められることがあります。
• 経理と税務の基本知識を習得: 忙しい準備期間だからこそ、お金の流れを把握するための最低限の経理知識が必要です。例えば、売上と経費は必ずプライベートのものとは別の銀行口座で管理し、プライベートの支出と事業の支出を明確に分けましょう。開業当初から会計ソフトを導入したり税理士に相談したりして、帳簿付けの習慣を付けることが大切です。また、青色申告の承認を受けておけば適正な記帳を行うことで最大65万円の特別控除が受けられるなど節税上のメリットがあります。（※詳しくは「青色申告の特集ページ」をご覧ください。）開業1年目から青色申告を適用するには、開業日から2ヶ月以内に所轄税務署に届出が必要な点も覚えておきましょう。
• 事業計画と収支シミュレーション: 開業前に立てた事業計画は、単に融資を受けるための書類ではなく、自院の経営の道しるべです。予想患者数や保険診療・自由診療の割合、設備投資額などを盛り込んだ収支シミュレーションを行い、数年間の利益予測を立てておきます。これにより、何年目から黒字転換しそうか、税金負担がどの程度発生しそうかを把握でき、早めに対策を打てます。例えば、3年目以降に利益が大きく伸びる見込みであれば、その時点での法人化を視野に入れるなど、将来を見据えた選択もしやすくなるでしょう。（※詳しくは「法人化の特集ページ」をご覧ください。）

このように、開業準備中から「お金」と「税金」の管理意識を持つことが重要です。スタートダッシュで手一杯になり税務を後回しにすると、のちのち帳簿がぐちゃぐちゃになって税務調査対応に苦労する恐れがあります。歯科医院の開業準備に必要なことは多岐にわたりますが、特に経理面は専門家の支援を受けるなどして万全を期しましょう。（※詳しくは「開業準備中の歯科医師向けのページをご覧ください。）

保険診療よりも自由診療を主軸にしている矯正歯科クリニックでは、収入規模が大きくなりやすい反面、税務上の論点もいくつか存在します。まず、自由診療は現金収入や自費によるカード決済が多くなるため、売上計上漏れのリスクに特に注意が必要です。例えば、現金売上を一部だけ別口座に入金して記録から漏らすような不適切な処理は厳禁です。税務署はクリニックの患者数や治療単価の平均を業界水準と比較することで、申告されていない収入がないか目を光らせています。矯正歯科は高額な治療が多いため、一件でも漏れがあれば金額が大きく、税務調査で必ず指摘されるでしょう。

次に、矯正歯科は開業時や拡張時に設備投資が嵩みがちです。デジタルレントゲン装置や歯科矯正用の3Dスキャナー、ユニット増設など、数百万円規模の投資を行うことも少なくありません。これらは適切に固定資産計上し、耐用年数に従って減価償却を行う必要があります。減価償却費の計上漏れや過大計上がないよう、購入時には税理士と相談して処理を決めましょう。また、大規模な設備投資を行った年は経費が膨らみ利益が圧縮されますが、翌年度以降は減価償却費が安定し利益が大きく増えるケースもあります。こうした利益変動に備え、計画的な節税対策を検討することが重要です。節税対策について詳しくは下記のページをご覧ください。

さらに、自由診療中心で収益性が高くなってきたクリニックは、医療法人化（法人化）も視野に入れるべきでしょう。個人経営のままだと利益がそのまま院長の所得となり、高所得者ゆえの高い所得税率（最大55%）が直接の負担になります。医療法人に移行して院長自身は役員報酬として給与を受け取る形にすれば、法人税率（中小法人なら約20～23%）と所得税率を組み合わせた実効税率で済み、トータルの税負担を抑えられる可能性があります。法人化には役所への申請手続や毎月の社会保険料負担増など考慮すべき点もありますが、将来的にクリニックを複数展開する計画がある場合や、年収が一定規模を超える場合は、税理士にシミュレーションを依頼してみる価値があります。

以上のように、自由診療メインの矯正歯科では、高収入ゆえの税務リスクに早め早めの対応策が求められます。医療業界に詳しい歯科税理士（歯科医院や矯正歯科クリニックの税務に精通した税理士）のサポートを受けながら、適切な経理処理と節税策の実行で、健全なクリニック経営を維持しましょう。もちろん、こうした対応には専門的な知識が伴います。自由診療主体のクリニックこそ税務のプロによる税務サポートを受けることで、経営の安心感が大きく高まります。

歯科医院を複数経営し医療法人として事業を拡大している場合、単一のクリニックとは異なる経営課題が出てきます。複数医院の運営では、一層内部統制を意識した管理体制が求められます。各医院ごとに日々の売上報告と経費精算ルールを設け、本部や本院でまとめて月次管理を行うことで、数字の異常値に早期に気づくことができます。もし特定の医院だけ異常に経費率が高い、あるいは売上が不自然に低い月があれば、速やかに原因を調査し是正できるでしょう。こうした月次ベースの管理とチェック体制は、税務調査でも「この法人はしっかり管理されている」という印象を与え、不備の指摘を減らすことにもつながります。

財務支援の活用も重要です。複数医院を抱えると、新規出店のための設備投資資金や運転資金の調達、医師・スタッフの人件費増加への対応など、資金ニーズが拡大します。税理士や会計の専門家に月次決算書や資金繰り表の作成を依頼し、金融機関からの融資や補助金申請に備えて財務状況の見える化を図りましょう。銀行からの信用を得るためにも、税金を期限内に納め適正に申告していること（税務コンプライアンス）が前提となります。税務調査の際にも、融資関連の書類や月次試算表などが整理されていれば、経営実態を説明しやすくなります。

なお、利益規模が大きくなると経営者のプライベートな支出を経費に紛れ込ませてしまいたくなる誘惑もあるかもしれません。しかし、税務調査ではその点も厳しくチェックされます。例えば、家族旅行を研修旅行と偽って旅費交通費に計上する、院長個人の高級車の維持費を法人の経費として処理するといった行為は不適切と判断され、重加算税の対象となり得ます。私的な支出と事業経費を明確に分け、経費の適正化を徹底しましょう。

また、組織規模が大きくなると、院長一人ですべての経理チェックを行うのは困難です。各院に信頼できる経理担当者を置くか、外部の税務サポートを受けて経理業務を分担しましょう。スタッフが増えることで、現金管理や領収書管理のルーズさが発生しやすくなるため、定期的な監査や巡回指導を取り入れるのも有効です。例えば、受付での現金収受と会計帳簿を照合し、売上漏れや着服がないかダブルチェックする仕組みを導入することも検討してください。

複数医院を展開する医療法人に強い税理士であれば、組織的な会計体制の構築や税務戦略について的確なアドバイスを提供できます。組織経営に移行した歯科医師の先生は、一人で抱え込まず専門家の知見を取り入れることで、安心して本業である歯科医療に専念できる環境を整えましょう。

日頃から適切な経理体制を整えておくことで、いざ税務調査となっても慌てずに対応できます。ここでは、歯科医院が日常業務で意識すべき経理・会計のポイントを解説します。

税務調査において最も基本となるのは、帳簿類が正確に整備されているかという点です。診療報酬明細や領収書、請求書などの証憑書類（取引の証拠となる書類）は、税務申告の内容を裏付ける重要資料です。これらを日々きちんと発行・保管し、帳簿（仕訳帳や現金出納帳、売上帳など）に漏れなく記録しましょう。

具体的には、現金売上はその日のうちにレジ締めを行い、日計表をつけておきます。保険診療の収入はレセプト請求に基づき月単位で振り込まれるため、その明細と入金額を照合して売上計上します。自由診療の収入についても、カルテや予約システムの記録と実際の入金が一致しているかダブルチェックしてください。特に現金で受け取った診療代は、診療ごとに領収書を発行し控えを保管することで、後から「この日の売上はいくらだったか」を再現できるようにしておきます。

経費についても同様です。スタッフ給与や技工所への外注費、歯科材料の仕入費用、学会参加費用など、あらゆる経費支出に対応する領収書や請求書を保管します。もしクレジットカードで支払った場合はカードの利用明細と領収書をセットで管理し、現金で立て替えた場合は精算伝票を作成して証跡を残します。領収書の字が消えて読めなくなるのを防ぐため、スキャンしてデータ保存しておくことも有効です。

また、日々の記帳を正確かつタイムリーに行うことも大切です。忙しいと記録を後回しにしがちですが、記憶が新しいうちに入力する方がミスが減ります。毎日の診療後に30分だけ経理時間を確保する、もしくは週に一度必ず帳簿を付ける日を設けるなどルール化しましょう。こうした日常からの積み重ねが、いざ税務調査となった際に「書類が揃っていない」「数字が合わない」といった事態を防いでくれます。

診療に忙しい歯科医師にとって、限られた時間で経理業務をこなすには効率化が不可欠です。近年はクラウド会計ソフトや銀行明細の自動取り込みシステムなどが充実しており、手入力の手間を大幅に減らすことができます。例えば、会計ソフトと銀行口座を連携させれば、患者さんからの振込入金やクレジットカード決済も自動で帳簿に反映され、入力ミスを防止できます。また、領収書類もスマートフォンで撮影してそのままソフトに取り込めば、紙で保管するスペースを減らしつつ確実にデータ保存できます。

効率化と同時に求められるのが内部統制の強化です。小規模な歯科医院とはいえ、お金の流れに不正が起きないような仕組みを作っておくことは重要です。例えば、受付での会計処理と経理の帳簿入力を別のスタッフが担当し、互いにチェックする体制を取れば、売上の付け忘れや横領の抑止になります。院長先生自身も、月に一度は試算表（その月までの累計損益の一覧）に目を通し、売上や経費の動きを確認しましょう。もし数字の異常（前年同月比で異常に材料費が増えている等）に気づいた場合は、早めに原因を調べて対策を取ります。このような内部統制意識が高い医院は、税務調査が入っても帳簿の信用度が高く、調査官からの印象も良くなります。

また、ある程度規模が大きくなったクリニックでは、経理業務の分担も検討しましょう。一人で記帳から支払い管理、給与計算まで行うとミスも起きやすくなります。スタッフに経理補助を任せたり、税理士や会計事務所に記帳代行・月次チェックを依頼したりするのも有効です。外部の専門家による定期チェックは内部統制の一環とも言えます。結果としてミスの早期発見や是正につながり、税務調査で指摘されるリスクを低減できます。

効率化された経理と強固な内部統制の仕組みを両立させることで、「攻め」と「守り」の両面から医院の財務を健全に保つことができます。

税務調査の当日を迎えたら、どのように対応すれば良いのでしょうか。また、心強いパートナーである税理士のサポートについても確認しましょう。

税務調査当日は、調査官が来院して実地調査が行われます。朝は通常、調査官の身分証明書の提示から始まります。調査官はだいたい午前中（10時前後）に訪問するケースが多いので、その時間までに診療準備とは別に経理書類の準備も整えておきましょう。

まず最初に行われるのが、医院の概況に関するヒアリングです。開業年や診療科目、スタッフ数、患者層や1日あたりの平均患者数、主な診療内容（保険中心か自由診療が多いか等）を聞かれます。あらかじめこうした基本情報を整理したメモを用意しておくとスムーズに答えられます。次に、本格的な帳簿類のチェックに移ります。用意しておくべき代表的な資料は次のとおりです。

• 現金出納帳、預金通帳の写し（全銀行口座）
• 総勘定元帳（売上帳、経費帳、仕訳帳など一式）
• 請求書控え、領収書控え、レセプトやカルテの一部（売上裏付け資料）
• 固定資産台帳、減価償却計算明細（医療機器や什器の購入記録）
• 契約書関係（賃貸借契約、リース契約、ローン契約など重要契約書）
• 関係会社や生計を一にする親族への支払がある場合、その内訳資料

調査官から指示のあった資料は速やかに提示します。万一その場ですぐに出せない場合は、「後日提出します」と伝えれば構いません。ただし、可能な限り調査中に揃えられるよう、事前準備段階で網羅的にリストアップしておくのが理想です。調査中、調査官から質問を受けたら、事実関係を簡潔に答えます。例えば「この交際費はどんな用途ですか？」と聞かれたら、「○○先生との情報交換会です」といった具合に説明します。誤解を招く余計な情報まで長々と説明する必要はありません。自信が持てない質問については、その場で無理に答えず「記録を確認して後ほど回答します」と保留することもできます。

調査官への対応では、誠実さと冷静さが肝心です。感情的になったり隠し事をしようとしたりすると、調査官の心証を悪くし調査が長引く原因になりかねません。質問には丁寧に答えつつ、不明点は税理士と相談してから回答するなど慎重さも持ち合わせましょう。なお、調査官にお茶や菓子を出す必要はありません（公務員は供応接待を受けることが禁止されています）。自然体で応対し、調査に集中できる環境を整えてください。

調査日程が2日に及ぶ場合、初日の最後に「明日までに用意しておいてほしい資料」が伝えられます。指定されたものがあれば、その日のうちに探して翌日朝までに準備しましょう。2日目も基本的には初日と同様の流れで資料確認が進み、夕方頃に一通りの調査が終了します。最後に調査官から口頭で概ねの指摘事項や改善点についてフィードバックがありますが、その場では「承りました」と聞いておけば十分です。具体的な対応方針は、後日送られてくる正式な指摘事項を確認してから決めれば問題ありません。

なお、税務調査であっても、カルテ（診療録）など患者様のプライバシーにかかわる資料については、医師には守秘義務があるため提供を拒否することが可能です。調査官からカルテの閲覧や提出を求められた場合には、安易に開示せず税理士と相談したうえで慎重に対応しましょう。

税務調査に臨む際、税理士の立会いをお願いすることを強くおすすめします。院長先生が自ら対応することも可能ではありますが、税務の専門家が同席することで調査官との応答が格段にスムーズになります。調査官は専門的な会計・税務用語を用いて質問してくるため、対応に慣れていないと戸惑ってしまう場面もあるでしょう。税理士がいれば、その場で適切に補足説明したり回答したりしてくれるので、先生ご自身の負担が軽減されます。

また、税理士は客観的な第三者として、調査官との交渉役も担ってくれます。仮に調査官から申告漏れの指摘を受けた場合でも、直ちに非を認める必要はありません。税理士がその場で領収書の束を再確認し、「この経費はクリニックの業務に必要な支出であり問題ない」と論理的に主張してくれたり、誤解があれば解消に努めてくれたりします。税理士は税法や通達について深い知識を持っているため、調査官からの指摘が法的に妥当かどうか冷静に判断できます。不当な追徴課税を防ぎ、納税者の正当な権利を守る盾になってくれる存在です。

さらに、調査後のフォローでも税理士の力が役立ちます。もし修正申告が必要となった場合は正確な申告書類を迅速に作成してくれますし、追徴税額や加算税についても分割納付の相談や減免措置の適用など有利な方向へ持っていく交渉をしてくれることもあります。長年の経験を持つ税理士であれば、過去に似たケースを数多く見ていますので、「この程度の指摘ならば修正しても大事に至らない」「ここは粘り強く主張すべき」等、適切な判断を下してくれるでしょう。

税務調査当日に落ち着いて臨むためには、事前に税理士と打ち合わせをしておくことも重要です。想定される質問事項や、懸念点の洗い出し、不安な書類の再確認などを一緒に行っておけば安心感が違います。税務調査は精神的なプレッシャーも大きいですが、頼れる税理士がそばにいれば心強い味方となるはずです。

税務調査に不安を感じたら、専門家のサポートを受けることが賢明です。加美税理士事務所では、歯科医院・矯正歯科クリニック・医療法人の先生方が安心して本業に専念できるよう、万全の税務調査サポート体制を整えています。その主な特徴を以下にご紹介します。

加美税理士事務所は全国対応でサービスを提供しており、遠方の歯科医院や地方の矯正歯科クリニックでも同じクオリティのサポートを受けていただけます。テレビ会議システムやクラウドツールを駆使したフルリモート対応により、ご来所いただく必要はありません。資料のやり取りや打ち合わせもオンラインで完結できますので、日々診療でご多忙な先生でもスキマ時間にご相談いただけます。例えば、夜間や週末しか時間が取れないという場合でも、柔軟に面談日程を調整いたします。緊急の税務調査の連絡が来た際も、迅速にオンライン対応し、初期対応のアドバイスから資料準備の指示までスピーディーにサポートします。全国どこにいても、税務調査対策のプロフェッショナルがリモートで伴走いたします。

当事務所には、医療業界の会計・税務に精通した経験豊富な税理士が在籍しています。これまで多数の歯科医院や矯正歯科クリニック、医療法人の税務をサポートするために研鑽を重ねており、各クリニックの事情に応じた柔軟な対応を心掛けています。例えば、開業間もない歯科医院には経理体制構築のアドバイスから丁寧に行い、自由診療中心のクリニックには節税策の提案や税務リスクのモニタリングを強化するといったように、オーダーメイドの支援を提供します。税務調査についても、「指摘されやすいポイント」を事前に洗い出して対策する予防型のサポートから、いざ調査が始まってしまった後の緊急対応まで、臨機応変にお手伝いいたします。

また、加美税理士事務所では一人の担当税理士だけでなくチームで情報共有しながら業務を行っています。そのため担当者が不在の場合でも他の税理士がフォローでき、常に迅速な対応が可能です。「先生のところはどのような働き方ですか？売上構成は？」といったヒアリングから始まり、その医院に合った解決策を提案いたします。どんな些細なご相談でも親身に耳を傾け、専門用語も噛み砕いてご説明しますので、税務の知識に自信がない先生でもご安心ください。まさに「歯医者に強い税理士」として、先生方のお役に立てれば幸いです。

「税務調査の連絡が来たけれど、何から手を付ければいいかわからない」「顧問税理士がいないので不安だ」といった場合でも、どうぞお気軽にご相談ください。加美税理士事務所では初回無料相談を実施しております。お電話やオンライン面談にて現在の状況やお悩みをヒアリングし、必要なサポート内容や大まかな費用感をご案内いたします。無料相談だけでも、税務調査に向けて何を準備すべきかのヒントが得られるはずです。

実際にサポートをご依頼いただく際も、安心の価格設定を心掛けています。事前にお見積もりを提示し、ご納得いただいてから着手いたしますので、「頼んだ後で高額な請求書が届いたらどうしよう」といった心配は不要です。歯科医院の規模やケースの難易度に応じて柔軟に料金を設定し、追加料金が発生する場合も事前に説明いたします。私たちは、先生方にとって費用対効果の高いサービス提供を第一に考えております。

また、税務調査対応を専門家に任せることで、先生ご自身は診療に集中でき、結果として時間と労力を大幅に節約できます。プロのサポートを活用し、効率的かつ安心な税務調査対応を実現しましょう。

税務調査は決して怖がる必要はありません。正しい知識と適切なサポートがあれば、落ち着いて乗り切ることができます。加美税理士事務所は、歯科・矯正歯科・医療法人に特化した税務サポートのために培ったノウハウを活かし、先生方の大切なクリニック経営を全力でお守りします。ぜひ一度、無料相談にてお話をお聞かせください。

歯科医院・矯正歯科医院に特化した税理士事務所

• 歯科医院・矯正歯科医院と消費税
• 歯科医院・矯正歯科医院と青色申告
• 歯科医院・矯正歯科医院と税務調査
• 歯科医院・矯正歯科医院と節税対策
• 歯科医院・矯正歯科医院と医療法人化
• 歯科医院の開業準備に必要なこと