税理士法人
加美税理士事務所

まず、クリニックにおける消費税の納税義務が生じるかどうか（課税事業者になるかどうか）の基本的な判定方法を押さえましょう。日本では、事業者ごとに一定の売上規模以上になると消費税の申告・納税義務が発生します。その判定基準は主に次の2つです：

• 基準期間（個人事業主では前々年、法人では前々事業年度）の課税売上高が1,000万円を超えているかどうか
• 特定期間（直前年度の前半6か月）の課税売上高または給与等支給額の合計額が1,000万円を超えているかどうか

上記の「課税売上高」とは、消費税の対象となる売上のことです。クリニックの場合、健康保険が適用される診療報酬や調剤報酬などは法律上消費税が非課税（対象外）となっています。労災保険や自賠責保険の診療も同様です。したがって、クリニックの課税売上とは主に自費診療（保険適用外の診療や美容診療など）や物品販売収入が該当します。例えば、美容皮膚科の施術料や自由診療のワクチン接種料金、サプリメントや医療用品の販売代金などが課税売上です。一方、風邪の診察や投薬など保険診療分の収入は課税売上には含まれません。

課税売上高が年間1,000万円を超えると、その2年後には自動的に消費税の課税事業者になります（新規開業の場合、基準期間が存在しないため通常は最初の2年間は免税事業者＝消費税納税義務なしとなります）。例えば、2023年の課税売上が1,200万円であれば、2025年分から消費税の申告・納税義務が生じます。また特定期間（前年度前半）の課税売上が1,000万円超の場合もその翌年には課税事業者となりますので、急成長しているクリニックは注意が必要です。なお、医療法人（クリニックを法人化した場合）については、資本金に準ずる額（=拠出金）1,000万円以上で設立すると初年度から課税事業者となる点にも留意しましょう。

では免税事業者（課税売上高が基準期間で1,000万円以下等のため消費税納税義務がない事業者）であるか、課税事業者であるかで何が異なるのでしょうか。最大の違いは、「消費税の申告・納税を行うかどうか」です。免税事業者であれば患者さんや取引先から消費税相当額を預かる必要がなく、日々の取引は消費税抜き（または税込価格であっても自院が預かった消費税を納めなくてよい）で行われます。ただし、その代わりにクリニックが仕入れや経費で支払った消費税は原則戻ってきません。例えば医薬品や医療材料、設備を購入する際に支払った消費税はすべてクリニックの実質負担となります。一方、課税事業者になると、自院が受け取った消費税（預かった消費税）から仕入時に支払った消費税を差し引いて納めることになります。これを仕入税額控除といい、課税事業者であれば消費税の申告の際に受けられるメリットです。課税事業者となったクリニックは、患者様や取引先に対して消費税分を価格転嫁し、その預かった消費税から仕入れ分を控除して国に納税する義務を負います。

例: 開業2年目のA先生（個人）は、前々年がゼロベースのため現在は免税事業者です。Aクリニックでは自費の予防接種収入が年間500万円ほどあり、その他は一般診療収入です。この場合、課税売上高は500万円で基準期間1,000万円以下のため引き続き免税事業者です。A先生は患者さんから消費税を徴収せずに済みますが、クリニックで購入したワクチン代や医薬品、医療機器に含まれる消費税は全てクリニック負担となります。一方、3年目に新たに高額な医療機器（消費税だけで200万円かかる機器）を導入する予定があるなら、事前に課税事業者選択届出書を提出してあえて課税事業者となり消費税還付を受けることも検討材料になります（詳細は後述）。

ポイント： 自院が課税事業者か免税事業者かを決める基準は「課税売上1,000万円超かどうか」です。クリニックの場合、保険診療収入は非課税のため計算に含まれず、自由診療や物販など課税対象収入がどれだけあるかがカギになります。まずはご自身のクリニックの過去の売上構成を確認し、直近の課税売上規模を把握しておきましょう。開業間もない先生は今後売上が伸びた際の見込み、ベテランの先生はここ数年で課税売上が基準を超えていないか、をチェックしてみてください。

次に、インボイス制度について基礎から理解しましょう。インボイス制度とは、正式には「適格請求書等保存方式」といい、令和5年（2023年）10月1日から日本で開始された新しい消費税のルールです。一言でいうと「消費税の仕入税額控除（先ほど触れた預かった消費税から支払った消費税を引く控除）を受けるためには、所定の事項が記載された適格請求書（インボイス）を保存しておく必要がある」という制度です。それ以前は、請求書や領収書に簡易な記載があれば仕入税額控除が認められており、取引相手が消費税を納めていない免税事業者であっても買い手側は控除を受けられるケースがありました。インボイス制度導入の背景には、そのような免税事業者との取引における消費税が売り手の「益税」となってしまう事態を防ぎ、公平な税負担を実現する目的があります。国際的にも付加価値税（VAT）の方式としてインボイス（適格請求書）の保存を要件にするのは一般的であり、日本でも段階的にそれに倣った形です。

インボイス制度では、消費税を納めている事業者（課税事業者）が税務署に申請して「適格請求書発行事業者」として登録を受けることで、適格請求書（インボイス）を発行することが可能になります。登録事業者には13桁の登録番号が付与され、発行する請求書や領収書にその番号や適用税率、消費税額など所定の項目を記載することが義務付けられます。こうしたインボイスを受け取った買い手側は、消費税の申告時にその購入にかかった消費税の控除を受けられるというわけです。

一方で、免税事業者（消費税を納めていない事業者）はそもそも消費税の申告をしていないため、インボイス発行事業者の登録はできません（登録＝課税事業者になることを意味します）。したがって免税事業者の発行する領収書類は適格請求書とはならず、買い手は将来的に仕入税額控除を受けられなくなります。もっとも、制度開始直後から中小事業者が一斉に不利益を被らないよう、経過措置が設けられています。2023年10月～2026年9月までは免税事業者等からの課税仕入について支払税額の80%まで、2026年10月～2029年9月までは50%まで控除が認められ、2029年10月以降に完全実施となるスケジュールです。つまり暫くの間は、インボイス未対応の取引であっても一部は控除可能ですが、いずれゼロになることが決まっています。

医療機関におけるインボイス制度の特徴としては、患者さんとの取引ではインボイスが関係しない点が挙げられます。日本医師会のQ&Aでも述べられているように、患者さんは一般消費者であり消費税の申告や仕入税額控除とは無縁のため、患者さんに対する領収書にインボイスを求められることはありません。したがって、多くのクリニックにとってインボイス制度の影響が直接及ぶ場面は「事業者相手の取引」がある場合に限られます。例えば、企業から委託を受けて行う従業員の定期健診やインフルエンザ予防接種、自費診療のうち芸能人など個人事業主が経費で落とそうとするケースなどです。こうした場合には、取引先である企業や個人事業主がインボイスの発行を求めてくることが想定されます。

まとめると、インボイス制度は「課税事業者間の消費税のやり取りを適正化するための仕組み」です。その導入によって、クリニックのように小規模で免税事業者になり得る事業者も含め、取引相手によって対応を考える必要が出てきました。次の章では、クリニックが具体的にインボイス制度へどう対応すべきかをケース別に見ていきましょう。

それでは、クリニックがインボイス制度に直面した場合の対応策について解説します。ポイントは、自院が現在課税事業者か免税事業者かによって対応が異なることです。

すでに課税事業者として毎年消費税を納めているクリニック（基準期間の自費売上が1,000万円超などに該当する場合）は、原則としてインボイス発行事業者の登録を行うことを強くおすすめします。なぜなら、課税事業者でありながらインボイスの登録をしないと、自院が受け取る領収書について取引先が仕入税額控除を受けられず、取引先にとって不利となってしまうからです。例えば企業検診の代金を企業から受け取る際に自院がインボイス未登録だと、企業側は支払った消費税分の控除ができずコスト増になります。このため、課税事業者であれば特別な事情がない限り速やかに「適格請求書発行事業者の登録申請」を税務署に提出し、インボイス発行に備えましょう。なお、一度インボイス発行事業者（=課税事業者）になると原則2年間は免税事業者に戻れない点にも注意が必要です。将来的に売上が大きく減少し課税事業者でいるメリットが薄れた場合でも、すぐには免税事業者に変更できませんので、この点も念頭に置いた上で登録してください。

課税事業者のクリニックがインボイス発行事業者として登録した後に必要な対応は主に2つあります。一つは、自院が発行する請求書や領収書の様式をインボイス対応に変更することです。具体的には、書類上に「適格請求書発行事業者の登録番号」「取引年月日」「取引内容」「税率ごとの消費税額または税込価格」「発行者の氏名または名称」などの必須項目を漏れなく記載するようにします。クリニックのレセプトシステムや会計ソフトの設定を見直し、必要項目が自動で印字されるように調整するとよいでしょう。二つ目は、自院が受け取る側の請求書類についてインボイス対応か確認することです。医薬品卸業者や検査外注先、医療材料の仕入先など、クリニックが経費を支払う相手先から受け取る請求書が適格請求書の要件を満たしているかチェックしましょう。万一、受領した請求書がインボイスに対応していない場合には、相手先がインボイス発行事業者かどうか確認し、未登録であれば今後取引条件の見直しを検討する必要があります。経費の支払先が免税事業者だと、自院が支払った消費税の控除ができずコスト増につながるためです（とはいえ少額の消耗品などであれば大勢に影響はありませんが）。

次に、現在免税事業者であるクリニックのケースです。保険診療メインで自費収入が少ないクリニックは年間課税売上が1,000万円以下で免税事業者となっていることが多く、この場合インボイス発行事業者の登録義務はありません。インボイス制度自体、消費税を納めている事業者（課税事業者）が対象の制度なので、免税事業者は基本的に「自院は関係ない話」となります。例えば課税売上がほぼゼロで患者さん相手の診療のみの内科クリニックなどは、インボイス制度による直接的な影響はほとんど受けないでしょう。このような場合、無理にインボイス登録をする必要はありません。

しかし一方で、免税事業者のクリニックであっても「インボイス未対応による間接的なデメリット」がないか検討しておくことをおすすめします。具体的には、事業者相手の自費診療収入があるかどうかです。企業や他の事業者（個人事業主を含む）からの健診や予防接種の委託、自費診療で芸能関係の方が来院する場合など、取引の相手が事業者となる売上があるケースでは注意が必要です。先述のとおり、自院がインボイス発行事業者でないと取引相手は消費税の控除ができず不利益を被るため、そうした取引先が今後離れてしまう可能性があります。たとえば「インボイス発行に対応していないクリニックにはもう健診を依頼しない」と企業側が判断するリスクです。

以上を踏まえ、免税事業者のクリニックでは以下の方針決定を行うことが重要です：

1. インボイス発行事業者の登録をするか否か検討する。 自費売上が今後増える見込みがある、新規開業から2年経過後に課税事業者になる可能性が高い、といった場合には早めに登録申請しておく選択肢もあります。一方、課税事業者になるとこれまで納めなくてよかった消費税の納税義務が発生するため負担増となる点に注意しましょう。設備投資予定なども考慮し、自院にとってどちらが得策か慎重に判断します。
2. （未登録の場合）取引先への周知を行う。 インボイス発行事業者に登録しないと決めた場合は、事業者からの予約・依頼を受ける際に自院がインボイス発行に対応していない旨を伝えておくことが有効です。例えば「当クリニックは現在インボイス制度の登録事業者ではございません」などと事前に説明しておけば、取引先もそれを踏まえて発注継続するか判断できます。患者さんが会社の福利厚生として受診するケースなどでは、受付時にその旨を明示しておくと良いでしょう。

免税事業者にとってインボイス登録は任意とはいえ、こうした事前検討と周知を怠ると思わぬ機会損失につながる可能性があります。特に開業したばかりで今後自費診療を拡大予定の先生や、事業承継でクリニックを引き継いだ先生は、新たな経営方針のもとで取引状況が変わることも多いため、インボイスへの対応方針も改めて検討すると安心です。

インボイス制度へ対応する際には、どういった事務負担が増えるかも把握しておきましょう。課税事業者になれば当然ながら消費税の申告書を年次で提出する必要が出てきます。経理担当者がいる規模なら社内で対応可能ですが、スタッフが限られているクリニックでは税理士や会計事務所に依頼してしまうのも一つの方法です。適格請求書の発行についても、現在利用中のレセプト発行ソフトや会計ソフトのアップデートで対応可能な場合がほとんどですが、発行漏れや記載不足がないよう運用ルールを周知する必要があります。特に領収証を手書きしているようなクリニックでは、書式そのものを変更する作業が発生します。

一方、インボイス導入はクリニックの経理体制を見直す好機とも言えます。この機会に帳簿付けや領収書管理を整理・電子化することで、日々の事務作業を効率化できるでしょう。適格請求書の保存は電子データでも問題ありませんので、クラウド会計サービスなどを活用してペーパーレス化を進めることも可能です。経理体制を整えておけば税務調査（税務署の調査）への備えにもなります。インボイス制度下では、取引証憑の保存状況なども調査対象となり得るため、日頃からきちんと対応しておくに越したことはありません。

税務調査について詳しくは下記のページをご覧ください。

続いて、クリニック経営ならではの消費税に関する論点を整理します。他業種とは異なる医療業界特有のポイントや、クリニックでありがちなケースについて確認しておきましょう

前述のとおり、クリニックの収入は非課税売上（保険診療分）と課税売上（自費診療分など）が混在することが多くあります。この場合、課税事業者として消費税申告を行う際に注意すべき点があります。消費税の計算では、本来「預かった消費税－支払った消費税」で納付額を求めますが、クリニックのように非課税売上もある事業者は、経費に含まれる消費税のうち非課税売上に対応する部分は控除できないというルールがあります。これを課税売上割合に応じた控除といい、簡単に言えば「課税売上の割合に応じて経費の消費税を按分控除する」手続きです。例えば、ある年のクリニックの総売上のうち課税売上が20%で非課税売上が80%だった場合、共通経費に含まれる消費税のうち20%しか仕入税額控除できない計算になります。人件費や家賃のようにそもそも消費税がかからない経費も多いため、実務上はかなり細かい計算が必要です。

こうした計算の煩雑さもあり、課税事業者となった場合に「原則課税」か「簡易課税」かの選択を検討する必要があります。原則課税とは上述したように実際の預かった消費税と支払った消費税をベースに一件一件計算する方法です。一方、簡易課税とは事前に定められたみなし仕入率を用いて計算する特例で、クリニック（第五種事業に分類）の場合は一律仕入率50%が適用されます。具体的には、預かった消費税額の50%を仕入税額控除額とみなして計算できる簡便法です。クリニックの年間課税売上高が5,000万円以下であれば簡易課税制度を選択できます（適用には事前届出が必要）。

クリニックでは簡易課税のほうが有利となるケースが多いとされています。理由は、クリニックは非課税仕入れ（＝消費税がそもそもかからない支出）の代表である人件費の割合が高く、実際に控除できる仕入れ消費税額が少ない傾向にあるためです。簡易課税であれば売上に対する一定率で控除額を計算できますから、人件費比率が高いクリニックでは実際よりも多めに控除できて得をする可能性があります。一方で、人件費が極端に少ないクリニック（たとえば院長先生一人で営業し外注費や材料費が大半を占める場合など）は原則課税のほうが有利になることもあります。また、高額な医療機器を導入する予定がある年は原則課税を選択したほうが有利になる場合が多い点も覚えておきましょう。実際に機器を購入して支払った消費税を全額控除・還付してもらえるため、みなし率計算の簡易課税より節税効果が大きくなるためです。先ほどのA先生の例でも、大型設備投資を機にあえて課税事業者になり原則課税方式で申告する選択肢に触れましたが、このように状況に応じて有利な方法を検討することが重要です。

クリニックにおける課税対象は自費診療や医療機器購入費だけではありません。それ以外にも見落としがちな課税取引があります。例えば院内で販売する衛生用品（歯ブラシやサプリメント等）の売上は課税取引です。また、入院施設を持つ病院であれば差額ベッド代（個室料）や、診断書作成料、製薬会社から協力費を受け取る治験受託収入、使わなくなった医療機器の売却収入なども課税対象に含まれます。さらに意外と見逃されやすいのがドリンク類の販売で、医薬品や医薬部外品でない栄養ドリンクや経口補水液などは消費税の軽減税率（8%）対象商品として課税されています。このようにクリニックで発生しうる様々な取引が課税か非課税かを正しく判定し、会計処理することが大切です。

個人クリニックが医療法人化（法人化）した場合、消費税面でいくつか影響があります。まず、前述のとおり資本金1,000万円以上で設立した医療法人は初年度から課税事業者となるため、これまで免税だった場合でもすぐに消費税申告が必要になります。資本金1,000万円未満で設立した場合は新設法人の特例で原則2期分は免税事業者になれますが、1期目の前半6か月（特定期間）で条件を満たすと2期目から課税事業者になりますので注意しましょう。医療法人に移行すると、所得税から法人税への変更や役員報酬の設定など、税務環境が大きく変わりますが、消費税についても引き続き考慮が必要です。

例えば、個人で長年クリニックを経営し自費収入が少なかったため免税事業者だったケースでは、法人化することで新たに消費税納税義務が発生する可能性があります（資本金要件や売上規模による）。一方、逆に個人で課税事業者だった先生が法人化することで、一時的に免税事業者の期間が発生し消費税負担を軽減できる場合もあります。医療法人化の検討にあたっては、消費税を含むトータルの税負担がどう変化するかを事前に試算することが重要です。法人化直後に高額設備を導入する計画があるなら、法人を課税事業者選択しておいて還付を受ける、といった戦略も考えられますし、逆に消費税負担が増えすぎるようなら法人化のタイミングをずらす判断もありえます。ぜひ医療法人化に強い税理士に相談し、所得税・法人税だけでなく消費税面も含めてメリット・デメリットを検討すると安心です（※医療法人化の一般的な利点・留意点については別ページ「法人化」の記事も参考にしてください）。

最後に、親から子への事業承継（親子承継）に際する消費税の論点について触れておきます。親世代の院長先生からクリニックを引き継いだ場合、事業規模や提供サービスの見直しにより、消費税の状況が変わることがあります。先代の院長先生が保険診療中心で課税売上が少なく免税事業者だった場合でも、後継の先生の代になって自由診療メニューを拡充すれば将来的に課税事業者になるかもしれません。また、インボイス制度など新しい制度は事業承継前には存在しなかったため、承継を機に取引先企業からインボイス発行を求められる場面が出てくる可能性もあります。事業承継のタイミングでは、クリニックの消費税に関する方針（課税事業者になるか、インボイス登録するか等）を見直す良い機会です。必要に応じて専門家の助言を受けながら、新体制にふさわしい消費税対応を検討しましょう。

詳しくは、下記の親子承継・代替わりドクター向けのページをご覧ください。

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