税理士法人
加美税理士事務所

クリニックの事業承継（親子承継・代替わり）は、単に院長の座を引き継ぐだけでなく、経営全般や財務の引継ぎも伴う大きなイベントです。スムーズに事業承継を行わないと、経営の空白やトラブルが生じ、地域の患者さんにも影響を及ぼしかねません。ここでは、クリニックの事業承継における主な課題と、その対策について見てみましょう。

よくある課題例:

• 経営ノウハウの継承不足 – 後継の先生が医療には精通していても、クリニック経営の実務（会計・税務・人事・集患戦略など）に不慣れな場合、最初のうちは戸惑いやすくなります。前院長から十分な経営ノウハウや財務状況の引継ぎが行われないと、資金繰りや経費管理で思わぬ苦労をすることがあります。
• 財務・税務手続きの引継ぎ – 個人事業で運営していた場合、前院長名義で行っていた各種届出や青色申告の承認などを新院長に切り替える必要があります。帳簿類や過去の決算書の引継ぎが不十分だと、新任の先生はクリニックの財務状態を正確に把握できず、意思決定に支障をきたす恐れがあります。また、引継ぎ時に発生する収入や費用の計上タイミングを誤ると、余計な税負担が発生する可能性もあります。
• 資産・負債の承継 – クリニックの設備や医療機器、不動産（土地・建物）を親から子に引き継ぐ際、名義変更や資産評価、場合によっては贈与税・相続税の問題が生じます。例えば、院舎の建物を親から子へ贈与すると高額な贈与税が課されるケースもあります。借入金が残っている場合、その債務の引継ぎ方も検討しなければなりません。
• スタッフ・患者との関係 – 事業承継に伴い院長が交代すると、スタッフの雇用契約や給与体系の見直し、患者さんへの周知など、人事・信用面での課題も発生します。新院長の経営方針が急に変わるとスタッフの混乱を招くため、引継ぎ当初は前院長と新院長が協力しながら運営する期間を設けるなどの配慮も必要です。

実際に、当事務所へは「父の代の帳簿が整理されておらず、どこから手を付ければいいかわからない」といったご相談が寄せられたことがあります。当事務所では、まず過去の会計資料を精査してクリニックの財務状況をクリアに把握できるようサポートしました。その上で、親子間で適切な資産・負債の引継ぎ方法を検討し、必要な手続きを円滑に進めることで、無事にスムーズな事業承継を実現しています。

こうした課題に対して、事前の計画と専門家のサポートによる対策が重要です。まずは早めに事業承継計画を立て、親子間で経営情報や将来像を共有しましょう。財務状況やクリニックの評価額を事前に把握することで、適切な承継方法（現金による事業譲渡、贈与、あるいは医療法人の持分による承継など）を検討できます。

また、税務面では専門の税理士に相談し、最も有利で確実な引継ぎ方法を検討することが大切です。例えば、個人事業として承継する場合は、速やかに青色申告の承認申請を行い、引き続き青色申告特別控除などの税務上のメリットを享受できるようにします(※「青色申告の特集ページ」はこちらから)。一方、事業規模の拡大や将来的な節税を見据えて医療法人化（法人への移行）を選択すれば、親から子への持分の譲渡という形でクリニックを引き継げます。この際、タイミングによっては贈与税や相続税の納税猶予制度を活用できる可能性もあります。

当事務所では、クリニックの事業承継に際して発生する様々な手続きや税務上の課題について、経験豊富な税理士がきめ細かくサポートいたします。事業承継計画の策定支援、財務デューデリジェンス（財務内容の事前確認）、適切な資産承継スキームの提案、承継に伴う各種届出・申告書の作成まで、一貫してお手伝いいたします。親子二代にわたるクリニック経営が円滑にスタートできるよう、専門家の視点からバックアップいたします。

開業医の先生が医療法人化（クリニックの法人化）を検討する最大の理由は、やはり税制面でのメリットにあります。医療法人を設立すると、クリニックを法人（会社）として運営することになり、所得税ではなく法人税のルールが適用されます。個人で高所得になるほど税率が上がる累進課税に比べ、法人税率は一定水準で頭打ちになるため、所得が多いクリニックほど節税効果が期待できるのです。また、法人化により経営の幅も広がり、事業承継や資金調達の面でも有利になるケースがあります。

医療法人化の主なメリット:

• 税率の低減と所得分散 – 個人事業の開業医の場合、所得が増えると最高税率50%近く（所得税・住民税合算）にも達します。一方で医療法人の法人税実効税率は約30%以下（所得額により15〜23%程度の法人税＋地方税）に抑えられます。たとえば年間利益が3,000万円規模になると、法人化によって数百万円単位で税額が減る可能性があります。また、法人にすると役員報酬という形で院長や家族に給与を支給でき、その分法人の利益を圧縮できます。家族に適正な給与を支払えば、所得を分散して一家全体の税負担を減らすことができます。
• 事業承継と永続性の向上 – 医療法人は法人として半永久的に存続するため、将来の事業承継が円滑になります。親子二代で運営する際も、株式（持分）の譲渡や役員交代という形でクリニックを引き継げるため、個人事業から代替わりするよりも形式が安定しています。院長が高齢になった際にあらかじめ法人化しておけば、後継者への引継ぎや相続対策（自社株評価の引下げなど）にも有効です。
• 資金調達・信用力の向上 – 法人になることで、金融機関からの融資を受けやすくなる場合があります。決算書が法人単位で整備されるため、銀行から見ると経営実態が把握しやすくなり信用力が高まります。また、法人名義で不動産を所有したりリース契約を結んだりできるようになるため、クリニックの設備投資や規模拡大もしやすくなります。
• 役員退職金の活用 – 法人では、院長が勇退する際に役員退職金を支給できます。役員退職金は所得税法上、大きな控除枠があり（勤続年数に応じて退職所得控除が加算）、同額の給与を分割でもらうより税負担を大幅に軽減できます。法人に利益を蓄積し、将来退職金として受け取ることで、長期的な節税を図ることも可能です。

実際に、当事務所がサポートするケースでは、年間所得約3,000万円規模のクリニックが医療法人化によって年間で200万円以上の税負担軽減に成功することがあります。このように、条件が整えば大きな節税メリットが得られますが、一方で法人化が必ずしも最善とは限りません。次に述べるように、デメリットや適切な時期も踏まえた上で判断することが重要です。

もっとも、医療法人化にはデメリットや注意点もあります。法人を設立・維持するには登記や各種届出の手間、毎期の決算申告、役員会の開催などの事務負担が増加します。また、法人化直後は給与の支払い方法やお金の流れが変わるため、院長個人の収入形態も変化します（法人の口座から給与を受け取り、これまで自由に使えていたクリニック収入を個人用途に流用しにくくなる等）。したがって、「売上規模や利益が十分に大きくなってから」「事業が安定してから」法人化することが一般的です。

では、具体的にいつ医療法人化すべきか、そのタイミングの目安をいくつか見てみましょう。

医療法人化を検討すべきタイミングの例:

1. 年間所得が約1,800万円を超えたとき – 個人事業の税率が一気に高くなるラインです。この水準を超えると税負担率が約40%前後に跳ね上がるため、法人化によって税率を引き下げるメリットが大きくなります。
2. 年間の保険診療収入が5,000万円超となったとき – 個人の開業医には、社会保険診療報酬について定率で経費算入できる概算経費の特例があります。しかし年間の保険収入が5,000万円を超えるとこの特例が使えなくなり、実額経費しか認められなくなります。その結果、課税所得が大幅に増えるため、法人化による経費計上や節税メリットを検討すべきタイミングです。
3. 開業から6〜7年目 – 開業時に導入した医療機器等の減価償却が一巡し、経費計上できる額が減って利益が増え始める時期です。減価償却費が減ると課税所得が増加するため、その前後で法人化を検討することで税負担の平準化を図れます。
4. 分院の設置や新規事業の展開を検討しているとき – クリニックをもう一つ開設する、介護事業や健診センターを併設する等、事業拡大を計画している場合は法人化が適しています。法人であれば組織として人員を増やしたり事業部門を分けたりしやすく、経営管理もしやすくなります。
5. 親族への事業承継を控えているとき – 親から子へ近い将来クリニックを承継する予定であれば、事前に法人化しておくと承継がスムーズです（前述の通り持分の譲渡で引き継げるため）。また、持分の評価をコントロールすることで相続税対策になる可能性もあります。

以上のようなタイミングが重なったときは、医療法人化を積極的に検討すると良いでしょう。ただし、法人化の可否や適切な時期は各クリニックの状況によって異なります。医療法人化の手続きやメリット・デメリットについては、ぜひ税理士など専門家にご相談ください。 当事務所でも、医療法人化すべきかどうかのシミュレーションから、実際の設立認可申請・登記手続き、設立後の届出（税務署や社会保険の手続き）まで包括的にサポートいたします。医療法人化 税理士としてクリニックの法人化を支援いたします。医療法人へのスムーズな移行をお手伝いしますので安心してお任せください。

なお、医療法人化以外にもクリニックの節税方法は多数あります。当事務所では、設備投資のタイミングや所得控除の活用など様々な節税対策についてもご提案可能です(※詳しくはこちらから「節税対策の特集ページ」をご覧ください。)。先生の経営状況に合わせて最適な節税プランを検討いたしますので、まずはお気軽にご相談ください。医療法人化の詳細なプロセスや支援内容については、「法人化の特集ページ」も併せてご参照いただけます。

新任の院長先生にとって、クリニックの経営管理や財務の把握は大きな課題です。医療に専念するあまり、「気づけば銀行口座の残高が減っていた」「利益が出ているはずなのに手元に資金が残らない」といった声もよく耳にします。こうした状況を防ぐには、日々の経理体制を整え、定期的に経営状況をチェックすることが不可欠です。当事務所では、先生方が本業に注力しながらもしっかりクリニックの経営改善と財務健全化を図れるよう、会計面から全面的にサポートいたします。

経営改善のための主なサポート内容:

• 会計帳簿の整備と見える化 – まずはクリニックの収支を正確に把握することが出発点です。当事務所では、日々の取引をタイムリーに記録するための会計システム導入を支援します。具体的には、スタッフの方でも扱いやすい弥生会計などの会計ソフト導入や記帳代行に対応しており、領収書やレセプト収入の管理を効率化します。毎月の試算表（損益計算書・貸借対照表）を作成し、売上や経費の状況を「見える化」することで、問題点を早期に発見できます。
• 収支バランスとコスト管理の改善 – 財務データを分析し、クリニックの収支バランスを最適化するアドバイスを行います。例えば、人件費や設備維持費が売上に対して過剰になっていないか、薬品や消耗品の在庫管理は適切かなど、数値に基づいてチェックします。無駄なコストが見つかれば削減策を提案し、一方で必要な投資（医療機器の更新や広告宣伝など）は適切なタイミングで行えるよう助言します。これにより、利益率の向上とキャッシュフローの安定化を図ります。
• 資金繰りと財務戦略のサポート – 開業医にとって資金繰りの安定は生命線です。保険診療報酬は入金が遅れる傾向がありますが（診療翌々月に支払いなど）、その間の運転資金を確保しておく必要があります。当事務所では、年間の資金繰り計画を一緒に策定し、納税資金や設備投資資金を計画的に積み立てられるよう指導します。また、必要に応じて金融機関からの融資やリスケジュール（返済計画の調整）についてもアドバイスし、クリニックの財務体質を健全に保ちます。
• 経営指標の分析と戦略立案 – 医業収支の構造を把握するため、1日あたりの外来患者数や1件あたりの診療単価、稼働率などの経営指標も分析します。他の医療機関のベンチマークデータなども参考にしつつ、自院の強み・弱みを数値で捉え、改善策を検討します。例えば、患者数が伸び悩む場合は地域ニーズに合わせたサービス提供や広報の見直しをご提案することも可能です。このように財務データと経営戦略を結びつけることで、数字に裏付けられた経営判断をサポートします。

さらに、経営改善の取り組みは新規開業したばかりの先生にも有効です。開業直後は設備投資や初期費用で資金流出が多くなりますが、早い段階で経営の現状を把握し無駄を省くことで、黒字化へのスピードを上げることができます。当事務所には新規開業の医師から税理士へのご相談も多く、経営初心者の先生でも安心して取り組めるよう丁寧にサポートいたします。「自院の経営に不安がある」「もっと収益を伸ばしたい」といったお悩みに対し、数字に基づく的確なアドバイスでクリニックの発展をバックアップいたします。

なお、経営改善のためのサポートを受けた先生からは「毎月の数字を把握する習慣がつき、無駄な支出にすぐ気付けるようになった」「経理作業をプロに任せたおかげで診療に専念できる時間が増えた」などの喜びの声も聞かれます。数字に強いパートナーを持つことで、安心感と経営の安定を手に入れましょう。

クリニック経営において、税務上のリスクを適切に管理することは非常に重要です。万一税務上のミスや見落としがあると、後々の税務調査で指摘を受けて追徴課税やペナルティが科される可能性があります。そうならないためにも、日頃から税務リスクをコントロールし、調査への備えを万全にしておく必要があります。

税務リスクを減らすためのポイント:

• 日々の記帳と証憑管理 – 領収書や請求書、レセプトなど、すべての取引証拠を漏れなく保管・整理しましょう。経理担当者や当事務所と連携し、日々の収入・支出を適切に記帳しておくことで、申告漏れや経費の計上漏れを防げます。特に現金収入（自由診療や予防接種の自費収入など）がある場合は、レジや日計表で管理し、売上計上漏れがないよう注意が必要です。
• プライベートと経費の区分 – クリニック経営者にありがちなミスとして、個人的な出費を経費に混入させてしまうケースがあります。例えば、家族旅行代を研修費として計上したり、自家用車のプライベート利用分まで経費落とししてしまう等です。税務調査ではこうした点が厳しくチェックされます。当事務所では、経費計上の段階で私的な費用と事業経費の区別を明確にし、科目の振り分けについてアドバイスいたします。グレーゾーンと思われる項目についても事前にご相談いただくことで、不要なリスクを避けることができます。
• 期限内申告・納税と適切な税額計算 – 言うまでもなく、各種申告書は期限内に正しく提出し、税金は期限までに納付することが大前提です。所得税や消費税の期限後申告には無申告加算税が、納付遅延には延滞税が課せられます。当事務所では、申告・納税スケジュールを事前に共有し、先生が期限を失念することのないようリマインドいたします。また、税額計算の誤りがないよう二重のチェック体制で臨んでおり、法令改正による税率変更や控除制度の適用漏れなども適切にフォローします。
• 消費税への対応漏れに注意 – 医療収入（保険診療）は消費税非課税ですが、自由診療収入が増えてきた場合やクリニックの規模拡大で年間売上が一定額を超えた場合には、消費税の課税事業者となる可能性があります。新規開業から2期目以降、また事業承継後の売上変化に伴い、消費税の届出や申告が必要かどうかを定期的に確認することが重要です。当事務所では、消費税申告が必要になった際の手続きや、課税事業者となる前の事前対策（例えば高額設備投資のタイミング調整など）についてもアドバイスいたします(※詳しくはこちらの「消費税の特集ページ」をご覧ください)。

なお、過去には私的経費の混同が原因で数千万円規模の追徴課税を受けた医療機関の例も報告されています。こうした事態を防ぐためにも、日頃から経費処理のルールを徹底しておくことが大切です。
また、当事務所が対応した税務調査では、事前準備と適切な対応により指摘事項なく完了したケースも多くあります。専門家のサポートがあれば、調査に対する不安を大きく軽減できるでしょう。

以上のポイントを踏まえ、適切に経理・税務管理を行っていれば、過度に税務調査を恐れる必要はありません。しかし、万が一税務調査が入る際には、専門家の立ち会いと対応が心強い支えとなります。当事務所では、税務調査対策として以下のようなサポートを提供しています。

• 税務調査事前チェック – 調査の通知を受けたら、まず過去の申告内容や帳簿を税理士が精査します。申告漏れや誤りがないか、指摘を受けそうなポイントはどこかを洗い出し、事前に必要な修正申告や追加資料の準備を行います。
• 調査当日の立ち会いと対応 – 税務調査当日は、担当税理士がクリニックに同行・立ち会いし、調査官からの質問に適切に対応します。専門家が同席することで、調査官とのやり取りがスムーズになり、先生ご自身は診療に集中できます。また、指摘事項があった場合もその場で税理士が説明・交渉し、正当な経費であることを主張するなどできる限り追徴課税を抑えるよう努めます。
• 調査後のフォロー – 税務調査が終了した後、是正すべき点があれば今後の対策を講じます。不適切な経理処理が指摘された場合は、今後同じミスをしないよう改善策を提案し、継続的にチェックします。調査結果に不服がある場合の不服申立て手続きについてもサポートいたします。

このように、日頃からの税務リスク管理と万全の調査対策によって、クリニック経営の安心感が大きく高まります。当事務所は税務調査対策に強い税理士事務所として、先生方の大切なクリニックを税務面から守るお手伝いをいたします。税務調査の一般的な流れや詳しい対策については、こちらの「税務調査の特集ページ」も参考にしてください。

最後に、加美税理士事務所が提供する具体的なサポート内容と、選ばれる理由についてご紹介します。私たちはクリニック専門の税務顧問として、先生方に寄り添った柔軟なサービス提供を心掛けています。以下に当事務所の主な特徴をまとめました。

• 医療業界に特化した専門知識 – 当事務所には医療・クリニック専門の税理士が在籍しており、開業医特有の税務・会計事情に精通しています。医療法人化や診療報酬に関する知見、クリニック経営の慣習など業界特有のポイントを踏まえてアドバイスできるため、安心してご相談いただけます。実際に多数のクリニック（内科、歯科、整形外科など）の顧問ノウハウがあり、業種特有の知識を蓄積しています。
• フルリモート対応・全国サポート – 忙しい先生方が移動時間を割かずに相談できるよう、当事務所はオンラインでの打ち合わせやデータ共有に対応しています。電話・メールはもちろん、ZoomなどのWeb会議やチャットツールを活用し、遠方のクリニックや診療時間の合間からでも気軽にご相談いただけます。地方のクリニックから都市部の医院まで、場所に関係なくフルリモートでサポートいたします。
• 柔軟かつ迅速な対応 – 先生のご都合やご要望に応じて柔軟にサービス内容をカスタマイズします。「記帳は自分で行いたい」「給与計算もお願いしたい」など個別のニーズに合わせたプランを提案可能です。また、緊急のご相談や急な税務対応が必要になった場合でも、できる限り迅速に対応いたします。夜間・週末のご相談にも事前予約で対応可能なので、診療でお忙しい先生でも安心です。
• 最新の会計ソフト・クラウドツール対応 – 当事務所では、弥生会計をはじめとする市販の会計ソフトやクラウド会計システムに対応しています。すでにクリニックで会計ソフトを導入済みの場合はデータ連携に対応し、導入していない場合も最適なソフト選びからサポートします。会計データをクラウド上で共有することで、リアルタイムな経営状況の把握やタイムリーなアドバイス提供が可能です。
• 税務調査対策に強い – 前述の通り、税務リスク管理から税務調査の立ち会いまで一貫してサポートできるのが当事務所の強みです。過去に多くのクリニックの税務調査対応を経験しており、調査官の視点を踏まえた適切な対策ノウハウがあります。日頃からの予防策はもちろん、いざという時にもプロの対応で先生の負担を最小限に抑えます。
• 医療法人化や開業支援にも対応 – クリニックのライフステージに応じた支援が可能です。新規開業時の各種届出サポートから、事業拡大に伴う医療法人設立支援、さらには親子承継時の税務コンサルティングまで、一連のサービスをワンストップで提供します。クリニック開業直後の税務サポートから経営安定期の節税対策、そして代替わりの事業承継支援まで、長期的に伴走できるパートナーとして寄与いたします。
• 明瞭で低価格な料金体系 – 当事務所では、クリニックの規模や業務内容に応じて適正かつ低価格な顧問料プランをご用意しています。毎月の顧問料や決算申告料についても事前にお見積もりし、追加料金の発生しにくい明瞭な料金体系を心掛けています。「専門家に頼むと費用が高そう」という不安をお持ちの先生にも、コストパフォーマンスの高いサービスを提供いたします。
• 初回無料相談と親身なサポート – まずは先生のお話をじっくりお聞かせください。当事務所では初回無料相談を実施しており、現在抱えているお悩みやご不安について気軽にご相談いただけます。面談では専門用語を噛み砕いてわかりやすく説明し、今後取るべき対策の方向性を一緒に考えます。契約後も、常に先生の良き相談相手として親身なサポートを提供し、「頼んでよかった」と感じていただける関係を築くことを目指しています。

これまでサポートさせていただいたお客様方からは「対応が早く非常に助かる」「専門知識が豊富で信頼できる」といったお声を多数いただいております。

税務・経営のプロフェッショナルによるサポートを受けることで、煩雑な経営管理から解放され、先生は本来の医療業務に集中できます。当事務所は、クリニックの税務顧問として末長く先生方をサポートしてまいります。事業承継や経営改善、医療法人化などでお悩みの先生は、お一人で抱え込まずぜひ一度ご相談ください。私たちがパートナーとして全力でバックアップいたします。

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