税理士法人
加美税理士事務所

自由診療クリニック開業支援｜税理士が開業から経営まで徹底サポート

自由診療クリニック（AGA治療や医療脱毛など）を開業予定のドクターの皆様へ。 開業にあたっては事業計画の作成や資金調達、各種届出など多岐にわたる準備が必要です。さらに、開業後も会計・税務や経営面での不安がつきものではないでしょうか。私たち税理士法人加美税理士事務所は、そうした自由診療クリニックの開業から運営まで税務のプロの立場でトータルに支援いたします。本記事では、税理士が提供できる開業支援の内容と成功するクリニック経営のポイントを詳しく解説します。都市部で初めて開業する先生、SNSで集患を図る若手医師、完全オンラインで展開するAGAクリニックの経営者など、それぞれのケースに応じたアドバイスもご紹介します。

自由診療クリニック開業の特徴と税務上の注意点

自由診療クリニックとは、保険適用外の診療（自費診療）を専門とするクリニックです。AGA治療や美容皮膚科・医療脱毛クリニックなどが代表的で、保険診療と異なり治療費に消費税が課税される点に注意が必要です。例えば、AGAクリニックや脱毛クリニックでは患者様から受け取る治療費に原則10%の消費税が含まれます（保険適用の診療は非課税ですが、自費診療は課税対象となります）。そのため、開業時から消費税対応を見据えた経営計画が重要です。消費税について詳しくは下記のページをご覧ください。

また、自由診療はクリニック側で自由に料金設定やサービス内容を決められる一方で、集患（患者様を集めること）にはマーケティング戦略が欠かせません。都市部のクリニックであればWebサイトやSEO対策による集客、若い院長先生であればSNSの活用などが必要となるでしょう。そのため広告宣伝費がかさみやすく、開業当初は思ったように利益が出ないケースもあります。こうした中で資金繰り管理や収支計画の見直しを適切に行うには、専門家のサポートがあると安心です。医師の方は医療のプロですが、経営や会計の分野は未経験という場合も多く、税理士が参画することでお金の面の不安を大きく減らすことができます。

さらに、自由診療クリニック開業時には開業場所の選定も重要なポイントです。診療科目に見合った需要が見込める地域かどうか、競合となる他院の状況などを調べる診療圏調査を行い、現実的な患者数予測を立てる必要があります。税理士事務所自体は医療コンサルタントとは異なりますが、事業計画書を作成する際にこうした地域の需要予測や競合状況も踏まえて収支シミュレーションを行います。当事務所でも過去のデータや提携ネットワークを活用し、適切な開業地の選定や事業計画策定をサポートいたします。

開業準備段階で税理士がサポートできること

開業を成功させるため、準備段階から税理士が関与するメリットは大きいです。資金計画や各種手続きを専門家と一緒に進めることで、スムーズかつ抜け漏れのない開業準備が可能になります。ここでは、開業前に税理士が提供できる主なサポート内容を紹介します。

• 事業計画書の策定支援: 開業後の収支見込みや必要資金を明確にするための事業計画書作りをお手伝いします。治療メニューごとの予想患者数や売上高、家賃・人件費・機器購入費などの経費、融資の返済計画まで盛り込んだ詳細な資金計画を作成します。収支計画を立てることで、開業後の経営を具体的にイメージでき、銀行からの融資を受ける際にも信頼性の高い計画書となります。
• 資金調達（融資）サポート: 開業には多額の初期費用が必要です。内装工事費や医療機器の購入費、広告宣伝費などをまかなうために金融機関からの融資を検討する方がほとんどでしょう。税理士は銀行や日本政策金融公庫などへの融資申込に必要な書類作成をサポートします。当事務所は、信頼性の高い事業計画書の作成や創業融資の申請支援が可能です。金融機関との交渉においても、資金繰り計画や返済シミュレーションについて税務の視点から助言いたします。
• 診療圏調査・マーケティング戦略支援: 上述のとおり、開業場所の選定やターゲット患者層の分析は成功のカギです。必要に応じて開業コンサルタントとも連携し、地域の人口動態や競合状況の情報を集めて診療圏調査を行います。それを踏まえ、税理士は現実的な患者数・売上予測を事業計画に反映させます。また、Webマーケティング戦略についても費用対効果の視点からアドバイス可能です。「広告宣伝費にいくらまで投資すべきか」「何ヶ月で黒字化を目指すか」といった経営目標を一緒に設定します。
• スタッフ採用計画・人件費シミュレーション: 開業にあたり看護師や受付スタッフなど人材の採用も必要です。税理士は人件費のシミュレーションを行い、無理のない採用計画づくりを支援します。例えば「患者数◯人規模なら看護師は◯名」「給与水準はこれくらいで設定」など、他院事例も踏まえたアドバイスが可能です。人件費はクリニック経費の中で大きな割合を占めるため、開業資金や運転資金に与える影響を事前に検討しておくことが重要です。採用後の給与計算方法や社会保険手続きについても、開業前から準備しておけば開業後に慌てずに済みます（社会保険や労務手続きについては提携の社労士と連携してサポートいたします）。
• 会計ソフト導入支援: 経理未経験の先生でも開業後にスムーズに会計業務を行えるよう、会計ソフトの導入をサポートします。特に当事務所は弥生会計などクリニック規模の経理に適したソフトの導入支援に強みがあります。開業前に会計ソフトを準備し初期設定を済ませておくことで、開業後の売上や経費をタイムリーに記録でき、経営状況を把握しやすくなります。必要に応じて操作方法のレクチャーも行いますので、経理が初めての方でもご安心ください。
• 各種開業手続きのサポート: クリニック開設に際しては、保健所への開設届や医師会への届出など様々な行政手続きがあります。税理士自身が代理人となって行える手続きは限られますが、当事務所では提携の行政書士と協力し必要書類の準備をお手伝いします。また、開業後すぐに必要となる税務署への開業届出や青色申告の承認申請など税務関係の手続きについては、漏れなく対応いたします。

上述のように、開業準備段階から多方面のサポートを受けることで、「何をどう進めればいいのか分からない…」という不安を解消し、本業である医療の準備に専念することができます。

開業形態の選択支援（個人開業か法人設立か）

クリニック開業に際しては、個人事業（院長個人で開業）と法人設立（医療法人や株式会社化）のどちらで始めるかという選択も重要です。それぞれ税務上のメリット・デメリットがあるため、税理士の視点から最適な形態をアドバイスいたします。

もし個人事業として開業する場合、税務上は青色申告の適用を受けることが強く推奨されます。青色申告を行えば年間最大65万円の特別控除が受けられるほか、赤字が出た場合の繰越控除など税制上の優遇を受けることができます。ただし青色申告を適用するには事前の届出や複式簿記に基づく帳簿作成が必要です。当事務所では青色申告の承認申請手続きから帳簿のつけ方まで丁寧にサポートいたします。青色申告について詳しくは下記のページをご覧ください。

一方、将来的な法人化を見据えて最初から法人（医療法人）として開業するケースもあります。法人にすることで所得の分散による節税や、社会的信用の向上、将来の事業拡大に備えた組織作りが可能になる利点があります。当事務所は法人設立のタイミングやメリットについてもアドバイスし、法人設立手続きに関しては司法書士などと連携して支援いたします。なお、開業当初はまず個人で始めて軌道に乗った段階で法人化するという選択肢も一般的であり、その場合でも適切なタイミングを税務の観点からご提案します。法人化について詳しくは下記のページをご覧ください。

開業後の会計・税務サポートと経営アドバイス

無事に開業した後も、税理士との顧問契約による継続的なサポートがあることで、安定したクリニック経営を実現できます。私たち税理士法人加美税理士事務所では、開業“0年目”からのスタートアップ支援はもちろん、開業後の日常業務や将来の発展まで見据えた幅広いサポートを提供しています。主なサポート内容は以下のとおりです。

• 日々の記帳代行・会計ソフトサポート: 開業後は日々の診療収入や経費の取引を記帳（記録）していく必要があります。当事務所では、ご希望に応じて記帳代行（領収書や通帳の動きをもとに当事務所で会計ソフトへ入力）を行い、ドクターが本業に専念できるようにします。自社で経理担当者を置いたり院長先生自ら記帳したりする場合でも、会計ソフトの操作サポートや定期的な記帳内容のチェックを実施します。例えば、弥生会計など導入したソフトへの銀行明細データ取り込み方法をレクチャーしたり、科目の選択ミスがないかレビューするといった形でバックアップいたします。
• 月次決算と経営アドバイス: 毎月の収支をタイムリーに把握することは、クリニック経営の健全性を保つ上で欠かせません。当事務所では月次決算レポートを作成し、売上の推移や費用構造を分かりやすく可視化します。定期面談にて「先月は広告費が増えましたが新患数も増加しました」「人件費比率が適正範囲に収まっています」といった分析結果をご報告し、必要に応じて経営改善策をアドバイスします。経理や税務の専門用語についても、できるだけ噛み砕いて院長先生にご説明しますので、数字が苦手な方でも安心して自身のクリニックの経営状況を把握できるようになります。
• 各種税務申告書の作成・提出: 開業後は、個人事業であれば毎年3月の所得税の確定申告、法人であれば事業年度末ごとの法人税申告が必要です。当事務所が日々の記帳内容をもとに決算書を作成し、所得税・法人税の申告書類を正確に作成・提出いたします。減価償却費の計上や役員報酬の設定、交際費の損金算入ルールなど、税法上の細かな規定を踏まえて適切に申告漏れやミスのないよう処理しますので、お客様自身で複雑な税務計算を行う負担がありません。また、クリニック開業2期目以降は消費税申告も発生し得ます（前々年の課税売上高が1,000万円超の場合や、適格請求書発行事業者として登録した場合など）。消費税の計算においては課税事業者選択や簡易課税制度の有利不利判定など専門的な判断が必要なため、税理士のサポートが有益です。
• 給与計算・年末調整など労務面のサポート: スタッフを雇用している場合、給与計算や年末調整、社会保険の届出など人事労務面の手続きも発生します。当事務所ではオプションサービスにより毎月の給与計算代行や賞与計算、年末調整の代行を行っています（社員数やご希望に応じ柔軟に対応）。また、社会保険や労働保険の手続きについては提携の社会保険労務士と連携し、入退社時の書類提出などもサポートいたします。これにより、院長先生は診療とスタッフマネジメントに集中でき、煩雑な事務作業に時間を取られることを防げます。
• 節税対策の提案: クリニックの利益が出始めたら、適切な節税対策を講じることで資金繰りに余裕を持たせることができます。税理士は最新の税制改正情報も踏まえ、合法的に税負担を軽減する策を提案します。例えば、設備投資による特別償却や小規模企業共済への加入、経費計上漏れのチェックなど、クリニックの状況に合わせた節税策を検討します。経営者ご自身が節税のために無理な支出をしてしまったり、誤った情報に振り回されたりしないよう、プロの視点で効果的な対策を取ります。節税対策について詳しくは「節税対策の特集ページ」をご覧ください。
• インボイス制度・電子帳簿保存法への対応: 2023年10月に開始されたインボイス制度（適格請求書等保存方式）や、電子取引データの保存ルールを定めた電子帳簿保存法への対応も、当事務所がサポートします。自由診療クリニックの場合、患者様は一般消費者のためインボイス発行の必要性は高くありません。しかし、医薬品や備品の仕入先から適格請求書を受け取って適切に保存しないと、仕入税額控除（仕入れにかかった消費税の控除）が受けられなくなります。当事務所では、請求書の保管方法や会計ソフトでの電子データ保存方法についてガイドし、インボイス制度への対応漏れを防ぎます。また、電子帳簿保存法に基づき領収書や請求書を電子保存する場合の社内ルール作りもサポートします。例えば、「経費の領収書はスマホで撮影してクラウド保管」「メールで受領した請求書PDFは所定フォルダで管理」といった運用について助言し、税務調査の際にも認められる適切な形で電子データを保存できるようにします。紙書類の山を抱えずに済み、かつ法律に沿った経理体制を構築できる点も、税理士のサポートメリットの一つです。
• 税務調査の備えと対応: クリニックを長く経営していると、数年に一度は税務署による税務調査（いわゆる税務署のチェック）が入る可能性があります。とくに現金収入が多い業種では売上計上漏れがないか等を確認されやすいため、日頃から帳簿を整備し適正に申告しておくことが大切です。当事務所が関与していれば、日々の記帳段階から税務調査を意識した正確な経理処理を行っていますので、調査官から指摘を受けにくくなります。それでも万一税務調査が行われる際には、事前対策として過去の申告内容を点検し、必要に応じて修正申告や追加資料の準備を行います。また、税務調査当日は税理士が立ち会い、調査官への対応を全面的にサポートします。初めて税務署から連絡を受けた際も、私たちが窓口となって対応しますので院長先生は落ち着いて日常業務を続けていただけます。税務調査について不安な方は「税務調査の特集ページ」もぜひご覧ください。

以上のように、開業後も税理士が身近にいることで会計・税務の悩みを随時相談でき、経営判断を行う際の心強いパートナーとなります。特に自由診療クリニックは保険請求業務がない代わりに経営の裁量が大きく、「経営センス」が成否を分ける部分があります。税理士は数字の専門家として客観的なデータに基づく経営アドバイスを行うため、ドクターのパートナーとして二人三脚でクリニックの成功を支えます。

ケーススタディ：クリニック開業医のタイプ別サポート例

自由診療クリニックを開業すると一口に言っても、その状況や課題は院長先生によって様々です。ここでは、想定される3つのケースに沿って、当事務所がどのようなサポートを提供できるかを具体的に見てみましょう。

ケース1: 都市部の医療脱毛クリニック（初開業・Web集客中心・経理経験ゼロ）

背景: 都心の一等地に医療脱毛クリニックを開業するケース。院長先生は美容皮膚科出身で技術とホスピタリティには自信があるものの、経営や経理は初めての挑戦です。広告はWebマーケティング会社に依頼し、SEO対策やリスティング広告を駆使して集患しようと考えています。経理・会計については全くの未経験で、「何から手をつければいいのか分からない」という状態です。

課題: 初期投資が大きく、開業直後は広告費も嵩むため資金繰りに不安があります。また、経理担当者を雇う余裕もなく、自分で会計ソフトに入力しようにも専門知識がなく心配です。消費税や所得税の申告が必要になることは知っているものの、具体的な手続きや準備に手が回っていません。

税理士サポート: 当事務所では、開業前から関与し上記の事業計画作成や融資サポートを通じて、この院長先生のクリニックが無理のない計画でスタートできるようお手伝いします。開業後は、まず会計ソフト導入と初期設定を当事務所が代行し、毎月の請求書や経費領収書のデータを預かって記帳代行を行っています。院長先生は経理経験ゼロでも安心して本業に集中でき、Webマーケティングによる集患にも専念できます。広告費の使い過ぎが懸念される際には、月次決算のタイミングで「広告費が売上に見合った適正範囲内か」を一緒に確認し、必要ならマーケティング戦略の見直しも助言します。

また、消費税の扱いについても丁寧にフォローします。開業初年度は売上がまだ小さいため消費税の納税義務は生じませんでしたが、2年目以降に備えて請求書の保存方法や経費計上のルールを整えています。医療脱毛は自由診療ゆえ将来的に消費税申告が必要になる可能性が高く、インボイス制度への対応も見据えて早めに準備を進めます。さらに、スタッフを数名雇用しているため給与計算と年末調整もすべて当事務所にお任せいただき、先生は煩雑な事務作業から解放されます。「経理のことを気にしなくていいので助かるし、数字の報告会が毎月あるおかげで経営の勘所が掴めてきました」と喜んでいただけるかと思います。

ケース2: 20代の医師が開業したAGAクリニック（SNS活用・税務知識ゼロ・事業拡大意欲あり）

背景: まだ若手である20代のドクターが、自らの発信力を活かしてAGAクリニックを立ち上げるケースです。InstagramやTikTok、XなどSNSでの情報発信によって全国から患者を集める戦略をとっています。最新の治療法も積極的に取り入れ、いずれは複数店舗展開やオンライン診療も手がけて事業拡大したいという意欲的な院長先生です。ただし税務・会計の知識はほとんどなく、税理士事務所と顧問契約を必要としています。

課題: 若手でITリテラシーが高いこともあり、当初は「会計ソフトくらい自分で使えるだろう」と考えていましたが、実際には本業が忙しく記帳がおろそかになりがちでした。また、事業拡大のタイミング（2店舗目開設や法人化の時期）をどう判断するか悩んでいます。税務知識がないため、どれだけ利益が出れば税金がどのくらい発生するのか、節税策は何があるのかといった点も把握できていません。

税理士サポート: 当事務所はこの院長先生に対し、まず経理体制のシンプル化を提案します。日々の売上管理はクリニックの予約システムからデータを連携し、自動で会計ソフトに取り込む仕組みを構築。先生自身は最低限の確認をするだけで煩雑な入力作業をしなくて済むようにします。その上で毎月オンライン面談を行い、SNSマーケティング施策と収支の関係を一緒にチェックします。例えば、「SNS広告キャンペーンを実施した月は新患が◯名増え、売上も◯円増加しました。この広告費投下は費用対効果が高かったですね」という具合に、数字に基づく振り返りをサポートします。若い院長先生がゲーム感覚で経営分析に興味を持てるよう、グラフや図表を用いて視覚的にフィードバックする工夫もしています。

さらに、この先生は事業拡大意欲が高いことから、将来の法人化や多店舗展開のシミュレーションも行います。具体的には、「2店舗目を出した場合、初期投資はいくらで年間◯人の患者が増える見込み」「法人化すると法人税率は下がるが役員報酬の適正額をどうするか」など、中長期の計画を一緒に練ります。税務の観点からベストなタイミングで法人化できるよう助言するとともに、必要資金の貯蓄計画まで含め伴走します。節税対策についても、利益が出始めた段階から小規模企業共済への加入をご提案したり、役員報酬と配当のバランスによる節税シミュレーションを実施したりします。税務知識ゼロからのスタートですが、先生ご自身が数字に強くなり、「税理士さんが経営コーチのような存在で心強い」と信頼を寄せていただけるかと思います。

ケース3: 完全オンライン運営のAGAクリニック（複数拠点・法人化済み・法制度対応に不安）

背景: 全国の患者をオンライン診療で診る形態のAGAクリニックのケースです。既に法人化されており、本店所在地とは別に複数の提携医師やサテライト拠点を持ちながら、インターネットを通じて処方やカウンセリングを提供しています。遠隔診療ゆえに電子処方せんやオンライン決済などIT技術を駆使していますが、その分会計データも膨大で複雑になりがちです。代表の先生は「最新のインボイス制度や電子帳簿保存法にきちんと対応できているか不安」と感じており、専門家のチェックを求めて税理士事務所に相談をしました。

課題: 完全オンライン運営のため、紙の領収書はほとんど無く電子データでのやり取りが中心です。複数拠点にまたがる売上を適切に集計できているか、経費も含め証憑を正しく電子保存できているか確認が必要です。また、法人として年商も大きくなってきたため税務調査のリスクも念頭に置く必要があります。遠隔地にいるドクターやスタッフともやり取りする関係上、従来型の会計事務所では十分なコミュニケーションが取れない懸念もあります。

税理士サポート: 当事務所ではまず、このクリニックの会計フローの見直しから着手します。オンライン診療の予約・決済システムから売上データを取得し、拠点別の売上集計レポートを作成できるようシステム連携を改良。各拠点や医師ごとの業績が一目で分かるようになり、どの地域に力を入れるべきか経営判断がしやすくなります。経費面では、クレジットカード明細やオンライン領収書を自動で会計ソフトに取り込む仕組みを整え、電子帳簿保存法で求められるタイムスタンプや検索要件もクリアするようソフト設定を行います。これにより、領収書を紙で印刷して保管する手間が省けただけでなく、法令に沿った形でデータ管理ができます。

インボイス制度については、仕入先の多くが医薬品卸売やシステムサービス会社であるため適格請求書発行事業者として登録済みであると想定されます。当事務所はそれらのインボイスをきちんと保存・管理し、消費税申告で漏れなく仕入税額控除を受けられるようチェック体制を強化します。幸い患者様は個人が中心のためクリニック側がインボイス発行者となる場面はほぼありませんが、それでも万が一法人顧客等から適格請求書を求められた際に対応できるよう、自院の適格請求書発行事業者登録も完了させます。

また、完全オンラインで場所にとらわれず事業を行っている強みを活かし、当事務所とのやり取りもフルリモートで完結します。Zoomミーティングで決算報告や税務相談を行い、資料もクラウド経由で共有することでスピーディーな対応が可能です。複数拠点を管理する代表の先生も「チャットですぐ質問できるし、全国どこに居てもサポートが受けられるので安心」と評価してくださることでしょう。さらに、売上規模が拡大してきたことで将来的な組織再編や分院の法人化なども視野に入っている場合、その際の税制面での最適解について継続的にアドバイスを提供します。税務調査に関しても早い段階からシミュレーションを行い、問題になりそうな点を事前に洗い出して対策可能です。このようにITに強い税理士がサポートすることで、オンライン特化型クリニックの複雑な会計・税務も適切にコントロールできます。

税理士法人加美税理士事務所の強みとサポート体制

最後に、私たち税理士法人加美税理士事務所がクリニックの開業・経営支援において選ばれる理由を簡単にご紹介します。当事務所ならではの強みを活かし、ドクターの皆様を親身にサポートいたします。

• 自由診療クリニック支援の実績:
  当事務所はこれまでに自由診療分野の税務ニーズを想定した体制を整えており、AGAクリニックや美容系クリニックへの対応に備えて知見を蓄積しております。医療業界特有の会計処理や収益構造について理解しており、業種に合わせた的確なアドバイスを提供します。保険診療と自費診療の消費税の違いや、医療広告ガイドラインに配慮した集患施策の費用計画など、クリニック経営に精通した税理士ならではの視点があります。
• フルリモート対応・全国サポート: 当事務所はフルリモート対応が可能ですので、東京をはじめ全国どの地域のクリニックでもサポートできます。オンライン会議システムやクラウドストレージを活用し、遠方のクライアント様ともタイムリーかつきめ細かなコミュニケーションを実現しています。忙しい医師の方でも隙間時間にご相談いただけるよう、メールやチャットでの問い合わせにも柔軟に対応しております。
• 柔軟な対応力と親身なコミュニケーション: 私たちはクリニックごとに状況やニーズが異なることを十分理解しています。柔軟対応をモットーに、画一的なサービス提供ではなく院長先生のお考えやご希望に寄り添ったサポートプランを提案します。経理業務の範囲（自計化するか丸投げするか）や相談頻度、訪問・オンライン面談の有無なども柔軟に調整可能です。また専門用語の説明や経営状況の報告においても、難しい言葉をかみ砕いて分かりやすく伝えることを心掛けています。「何でも気軽に相談できる税理士」として二人三脚で歩んでまいります。
• 弥生会計など各種会計ソフトに対応: 当事務所は古くから弥生会計をはじめとした中小規模事業向け会計ソフトの導入・運用支援を得意としています。クリニックの経理でも弥生会計を利用したいというご要望にお応えし、導入設定から操作指導、運用後のサポートまで一貫して対応します。また、freeeやマネーフォワードクラウド会計などのクラウド会計ソフトにも対応可能です。先生方が使い慣れたツールを活かしつつ、生産性の高い経理体制を構築します。
• 税務調査にも万全の対応: 税理士法人加美税理士事務所には税務調査対応の豊富な経験があります。クリニック業界の調査ポイントも熟知しており、日頃から適正申告をサポートすることで調査リスクを低減します。それでも調査が入った際には、事前準備から当日の立会い、事後対応まで万全のフォローをお約束します。精神的な負担が大きい税務調査ですが、プロが味方についていることで安心感が違います。実際に過去には調査立会いにより指摘事項ゼロで終了したお客様もいらっしゃいます。「自分一人ではこうはいかなかった」と感謝の言葉を頂戴しています。

以上、自由診療クリニックの開業支援について、税理士の視点からポイントをご説明しました。当事務所では**「先生の心強い経営パートナーになる」**ことを目指し、専門知識はもちろん人間的な信頼関係を大切にサポートしております。これからAGAクリニックや脱毛クリニックなどを開業しようと考えている方、あるいは開業して間もない方で税務の相談相手をお探しの方は、ぜひ一度お気軽にお問い合わせください。私たちと一緒に、安定したクリニック経営への第一歩を踏み出しましょう。

AGAなどの自由診療クリニックに特化した税理士事務所

• AGAなどの自由診療クリニックと消費税
• AGAなどの自由診療クリニックと青色申告
• AGAなどの自由診療クリニックと税務調査
• AGAなどの自由診療クリニックと節税対策
• AGAなどの自由診療クリニックと医療法人化
• AGAなどの自由診療クリニックの開業支援