税理士法人
加美税理士事務所

青色申告とは、事業所得等のある個人や法人が選択できる確定申告の方法で、所定の帳簿を備えて正確な経理を行う代わりに、税制上の様々な特典を受けられる制度です。反対に、事前申請をしない場合は白色申告と呼ばれ、青色申告の特典は一切受けられません。美容系自由診療クリニックのように事業規模で収入を得ている場合には、この青色申告を活用することで大幅な節税メリットが期待できます。

例えば、美容皮膚科クリニックの院長先生が開業後に青色申告を選択すると、所得から最高65万円を控除できるほか、万一赤字となった場合の繰越しなど多くの恩恵を享受できます。特に保険診療収入がない自由診療専門のクリニックであれば、収入の全てが青色申告の対象となり、そのメリットを最大限に受けられます（保険診療収入がある場合、租税特別措置法26条によりその部分には青色申告特別控除が適用できないため、自由診療部分の所得のみで控除額を算定します）。

青色申告を選ぶことで、以下のような税務上のメリットが得られます：

• 最大65万円の青色申告特別控除 – 複式簿記に基づき正しく記帳し、期限内に確定申告を行えば、所得から最高65万円（または55万円/10万円）の控除を受けられます。電子申告（e-Tax）や電子帳簿保存を行うことで上限65万円、紙申告の場合は55万円が上限となり、簡易帳簿の場合は控除額が10万円に減額されます。
• 赤字の繰越控除と繰戻し – 事業が赤字になった場合、その損失を翌年以降の3年間にわたり繰り越して、後年の黒字と相殺できます。また青色申告者は、条件を満たせば赤字を前年度に繰り戻して所得税の還付を受けることも可能です。開業初期に赤字が出ても無駄にならず、翌年以降の税負担を軽減できます。
• 専従者給与の経費算入 – 青色申告者は、事業を手伝う配偶者や親族に支払う給与を青色事業専従者給与として必要経費に計上できます。例えば奥様を受付スタッフとして雇い適正な給与を支払えば、その額をまるごと経費にできるため、所得圧縮による節税が可能です（白色申告の場合は配偶者控除等の限定的な控除しか認められません）。
• 少額減価償却資産の特例 – 1件30万円未満の設備や備品の購入費については、年間合計300万円までその年の経費に一括計上できる特例があります。高額な医療機器は通常数年にわたり減価償却しますが、パソコンや小型の美容機器など比較的少額な資産は購入年度に全額を経費化でき、資金繰りに応じた節税調整がしやすくなります。

以上のように、青色申告は自由診療クリニックの経営者にとって強力な味方です。なお、青色申告は帳簿の作成・保存など多少の事務負担を伴いますが、税理士に依頼することでその負担を大きく軽減できます。当事務所でも日々の記帳から決算書・申告書の作成まで全面的にサポートし、先生が本業に集中しながら青色申告のメリットを確実に享受できるようお手伝いしています。次章では、開業時に青色申告を始めるための準備と手続きについて詳しく見ていきましょう。

これから美容クリニックや自由診療のクリニックを開業する医師の方にとって、開業と同時に青色申告の準備を進めることが重要です。開業時にはやるべきことが多岐にわたりますが、税務上の届出や帳簿体制の構築を後回しにしないようにしましょう. ここでは、開業直前～直後に行うべき青色申告関連の手続きと準備について解説します。

1. 個人事業の開業届の提出 – 税務署に対し、「個人事業の開業・廃業等届出書」を提出します。これは事業を開始したことを届け出るもので、開業日から1か月以内が目安です（提出が遅れても受理はされますが、遅れないに越したことはありません）。
2. 青色申告承認申請書の提出 – 青色申告を行うには事前に「所得税の青色申告承認申請書」を提出し、税務署から承認を受ける必要があります。新規開業の場合、開業日から2か月以内（1月1日～1月15日開業の場合はその年の3月15日まで）が提出期限です。この期限を逃すとその年は青色申告ができず白色申告扱いになるため注意しましょう。
3. 青色事業専従者給与の届出（該当する場合） – 開業と同時にご家族をスタッフとして雇用し、給与を経費にする予定がある場合は、「青色事業専従者給与に関する届出書」を税務署に提出します。専従者一人ひとりについて氏名や給与額を記載し、当年3月15日までに届け出る必要があります。届出がない家族給与は経費計上できないため、ご注意ください。
4. 各種帳簿の準備 – 青色申告では複式簿記に基づく帳簿づけが求められるため、仕訳帳・総勘定元帳などの帳簿様式を用意します。最近では会計ソフトの利用が一般的で、弥生会計など青色申告対応ソフトを使えば帳簿作成も便利です。
5. 開業費用の整理 – 開業までに発生した物件取得費や内装工事費、医療機器購入費、広告宣伝費などの支出を一覧にまとめておきます。開業前の支出であっても「開業費」として開業後に経費計上することができますので、領収書や請求書を漏れなく保管してください。特に医療機器は高額になりがちですので、減価償却計画も含め税理士と相談しておくと安心です。

これらの手続きは煩雑に感じられるかもしれませんが、当事務所の開業支援サービスをご利用いただければ、必要書類の作成から提出までトータルでサポートいたします。初めての開業でも税務の専門家が伴走しますので、本業の準備に専念することができます。開業支援について詳しくは下記のページをご覧ください。

開業後すぐに安定した経理体制を敷くことも、青色申告を成功させるポイントです。クリニックの診療が始まると日々忙しくなりますが、開業当初から会計記録をつける習慣をつけておくことで後々の負担が軽減されます。私たちはクラウド会計や弥生会計への対応実績が豊富で、先生のクリニックに合った会計ソフト導入をサポート可能です。

また、フルリモート対応の当事務所なら、地方や遠方で開業するケースでもオンラインで細やかなフォローが可能です。領収書の整理方法から月次決算のチェックまで、ビデオ会議やクラウド共有を通じて税理士がサポートいたします。こうした体制により、たとえ院長先生が会計初心者であっても、日々の取引を記帳し青色申告決算書を作成するプロセスをスムーズにスタートできます。

なお、自由診療クリニックの場合、順調に売上が伸びると数年以内に消費税の申告・納税義務も発生します（保険診療と異なり自由診療収入は課税売上のため）。消費税についての詳しいポイントや対策は別ページにて解説していますので、併せてご参照ください。

補足：開業時に医療法人としてスタートする場合
クリニックの開業形態としては、個人事業主だけでなく医療法人を設立する方法もあります。医療法人として開業した場合、個人の所得税ではなく法人税の申告（いわゆる法人決算）が必要になります。ただし法人も多くが青色申告の承認を受けており、赤字の繰越控除期間が長くなる（法人は最大10年間の繰越が可能）などのメリットがあります。もっとも、医療法人化には厚生局の認可や出資金要件などハードルもあるため、開業当初は個人事業でスタートし、事業拡大に合わせて法人化を検討するケースが一般的です。当事務所は法人化支援の実績も多数ございますので、将来的な法人化をご検討の際はぜひご相談ください。法人化について詳しくは下記のページをご覧ください。

開業後、個人事業としてクリニックを運営していく段階では、日々の経費管理と節税対策が経営のカギとなります。青色申告の帳簿運営に慣れてくれば、ご自身でも経理を回せる部分は多いですが、クリニック業務と両立して適切に経費を管理するためにはいくつかのポイントを押さえておきましょう。

• 事業用とプライベート用の分離: クリニック専用の銀行口座・クレジットカードを用意し、プライベートな支出と事業経費を明確に分けましょう。これにより経理処理が格段にスムーズになり、万一の税務調査でも説明が容易になります。
• 領収書・レシートの保存と記録: 全ての経費について領収書やレシートを保管し、何の支払いかメモを添えておきます。医薬品や衛生材料の購入費、クリニックの水道光熱費、学会参加費やセミナー受講料など、科目ごとにファイルやデータで整理しておくと決算時に役立ちます。
• 経費計上できる主な項目の把握: 自由診療クリニックで経費として認められるものには、スタッフ人件費（給与や社会保険料）、テナント家賃や光熱費、医療機器や備品の減価償却費、薬剤や消耗品などの仕入費用、広告宣伝やホームページ制作等のマーケティング費用、さらには開業資金の借入利息やリース料、損害賠償保険の保険料といった費用まで多岐にわたります。漏れなく経費計上することで課税所得を適正に圧縮できます。
• 会計ソフトと専門家の活用: 前章でも触れた通り、会計ソフトを使えば日々の仕訳入力だけで損益や経費状況をリアルタイムに把握できます。不安な場合は月次で税理士にチェックを依頼することも検討しましょう。当事務所では月次レビューや記帳代行にも対応しており、本業に集中したい先生をサポートいたします。

適切に経費管理を行うことで無駄な納税を防ぐことができますが、さらに踏み込んだ節税対策も重要です。個人経営のクリニックが実践できる主な節税策には次のようなものがあります：

• 青色申告特別控除をフル活用: 65万円控除を確実に受けるために、期限内申告と電子申告を徹底しましょう。例えば毎年の確定申告を当事務所にご依頼いただければ、e-Taxでの申告代行も行いますので最大控除を取りこぼす心配がありません。
• 専従者給与の有効活用: 配偶者などご家族がクリニック経営に関わっている場合は、正式に給与支給する形にして経費化するのが有効です。すでに前述の届出が必要ですが、青色事業専従者給与として支払うことで、その分だけ院長先生の所得を減らし所得税・住民税を抑えることができます。給与額は職務内容に見合った適正水準で設定し、毎月支給を継続することがポイントです。
• 設備投資のタイミング調整: 必要な医療設備や美容機器の購入時期を工夫することで節税に繋がる場合があります。例えば、利益が多く出そうな年は年末に設備投資を行い減価償却費を増やす、逆に利益が少ない年は大きな支出を翌年以降に見送る、といった調整です。ただし過度な設備投資は資金繰りに影響するため、税理士と相談しながら計画的に行いましょう。
• 小規模企業共済の活用: 自由診療クリニックの院長先生は、将来の退職金準備として小規模企業共済に加入することが可能です。毎月の掛金（最大7万円）は全額が小規模企業共済等掛金控除として所得から控除でき、長期的な資金準備と節税を両立できます。クリニック経営者に人気の制度で、当事務所でも加入手続きから活用方法までアドバイスしています。

上記のほかにも、節税には決算対策（年度末に行う節税策）や生命保険の活用など様々な手法がありますが、詳細は別ページの「節税対策」で解説しています。興味のある方はそちらもご覧ください。

私たち税理士法人加美税理士事務所では、経費の科目の見直しや節税策のご提案などを通じて、クリニックの利益を将来の成長に活かせるようサポートしています。適切な節税はクリニックに潤沢な手元資金を残し、新たな分院開設やスタッフ増員といった戦略的投資を可能にします。また、税務署による税務調査が入った際も、日頃から適切に経理処理を行っていれば何ら恐れる必要はありません。当事務所はオンラインでの税務調査立会いにも対応しており、万一の調査の際も専門家がフォローいたします。
税務調査について詳しくは下記のページをご覧ください。

青色申告による節税で生み出した資金を賢く活用することで、自由診療クリニックのさらなる成長につなげることができます。開業から数年が経ち、経営が軌道に乗ってくると、「2院目の開設」や「法人化による事業拡大」など新たなステージが視野に入ってくるでしょう。この章では、青色申告を土台としたクリニックの成長戦略について考えてみます。

資金蓄積と投資による分院展開

青色申告で節税した分だけ、クリニックには内部留保資金が蓄えられます。この資金は新たな設備導入や分院展開（2号院・3号院の開設）といった積極的な投資に充てることができます。特に美容クリニックの場合、需要に応じて別の地域に新クリニックを開設することで事業拡大を図るケースが増えています。

分院展開を成功させるには、初期投資資金の確保と金融機関からの融資が重要になります。青色申告で適切な財務管理を行っていれば、信頼性の高い決算書類を金融機関に提示でき、融資審査でも有利になります。「帳簿がしっかりしているクリニック」として評価されれば、設備資金や運転資金の借入もしやすくなるでしょう。その意味でも、日頃からの青色申告による正確な経理は成長戦略の基盤となります。

さらに、複数院を経営する際には、本院と各分院の収支をきちんと把握し戦略的にコントロールする必要があります。当事務所では多院展開しているクライアント様向けに、院別の損益計算や予算管理のサポートも行っています。遠隔地にある分院でも、クラウド会計とオンライン会議を活用して本院と一体的に経理管理をする体制づくりを支援いたします。複数の院を展開していても、ワンストップで税務・会計を任せられるパートナーがいれば安心して本業に集中できます。
分院展開について詳しくは下記のページをご覧ください。

クリニックの利益が大きくなってくると、法人化（医療法人の設立）を検討するタイミングが訪れます。前述の補足でも触れた通り、法人化すると税制や会計のルールが一部変わりますが、適切に活用すればさらに大きな節税メリットや事業の柔軟性が得られます。例えば、個人事業では超過累進税率により所得が増えるほど税率が最高55%程度まで上がりますが、法人にすれば法人税等の実行税率は約33%（所得金額に応じ一部段階あり）で頭打ちとなり、法人に利益を蓄積しやすくなります。また、役員報酬や配当といった形で所得分散を図ることも可能です。

医療法人化することで、事業承継や相続の面でも有利になる場合があります。院長先生が引退する際に理事長のポジションを後継者に引き継ぐ形でスムーズに事業を承継できる点は、個人事業にはない強みです。将来的にお子様や後進のドクターにクリニックを譲りたいと考えておられるなら、早めに法人化を見据えた計画を立てることも有効でしょう。

当事務所は、個人開業医の先生が医療法人化して多店舗展開されるケースについても支援いたします。青色申告で培った経理体制をそのまま法人の会計へ引き継ぎつつ、法人化後の節税策（役員退職金の活用など）まで含めトータルでアドバイス可能です。クリニックの成長に合わせて、税務の専門家もアップグレードしたサポートを提供いたしますので、事業フェーズが変わっても安心してお任せください。

最後に、自由診療クリニックの先生方にとって税務は本業ではありません。私たち税理士法人加美税理士事務所は、「頼れる財務部長」のような存在として、開業から成長発展に至るまで長期的に寄り添いサポートいたします。フルリモートで全国対応できる強みを活かし、どの地域のクリニックでも一貫した品質のサービスを提供することをお約束します。青色申告の活用からさらに一歩踏み込んだ成長戦略まで、ぜひ当事務所と共に歩んでまいりましょう。

美容皮膚科・美容整形クリニックに特化した税理士事務所

• 美容皮膚科・美容整形クリニックと消費税
• 美容皮膚科・美容整形クリニックと青色申告
• 美容皮膚科・美容整形クリニックと税務調査
• 美容皮膚科・美容整形クリニックと節税対策
• 美容皮膚科・美容整形クリニックと法人化
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• 美容皮膚科・美容整形クリニックと分院展開