税理士法人
加美税理士事務所

まずは、自由診療クリニックの院長先生が押さえておくべき消費税の基本について解説します。美容皮膚科・美容整形などの自由診療と一般的な保険診療では、消費税の扱いが大きく異なります。その違いと、消費税の納税義務の判定基準である「売上1,000万円の壁」について、順番に見ていきましょう。

クリニックの収入には、大きく分けて保険診療収入と自由診療収入があります。税務上、この2つは消費税の扱いが全く異なります。保険診療とは公的医療保険の適用を受ける診療で、患者さんが健康保険証を使って受ける通常の診療行為です。保険診療による収入は社会政策的な配慮から消費税が非課税と定められています。たとえば、ニキビ治療や湿疹の処方など健康保険が効く診療については、患者さんから消費税を預かることはありません（請求書にも消費税は記載されません）。

一方、自由診療とは保険が適用されない診療全般を指し、こちらは消費税課税対象となります。美容皮膚科や美容整形クリニックが提供する施術の多くはこの自由診療に該当します。美容整形手術（二重まぶた整形・隆鼻術など）や美容皮膚科治療（レーザー脱毛、シミ取り治療、ボトックス注射等）は、公的保険の適用外医療サービスのため原則として消費税が課税されます。また、自由診療で使用する薬剤やサプリメントの費用、自費の予防接種（インフルエンザ予防接種等）、健康診断・人間ドックの受診料なども同様に課税対象です。クリニックで治療に付随して行う物品販売（基礎化粧品や美容サプリの販売収入など）にも消費税がかかります。

このように、**「保険診療＝非課税」、「自由診療＝課税」が基本ラインです。院長先生として特に気を付けたいのは、クリニックの価格設定や経理処理において「消費税の有無」を明確に区別することです。美容クリニックの場合、施術料金を決める際に消費税分を上乗せするかどうか、ホームページや院内掲示での価格表示を税込み価格にするか（総額表示義務への対応）など、消費者に対する表示ルールも守る必要があります。消費税相当額を含めた適正な料金設定をしないと、後から納税義務が発生した際に「患者さんから預かっていないのに消費税だけ納める」**という事態になりかねません。自由診療メニューを導入する際は、ぜひ税理士にも相談しながら慎重に対応してください。

次に、消費税の納税義務が生じる基準について理解しましょう。よく「売上1,000万円の壁」と言われますが、これは年間の課税売上高が1,000万円を超えるかどうかで消費税の納税義務者（課税事業者）になるかが決まる基準のことです。ポイントは「課税売上高」という点で、保険診療収入のような消費税非課税の売上は含みません。自由診療や物販など消費税が課される売上の合計額が年間1,000万円を超えた場合に、クリニックも消費税を国に納める義務が発生します。

例えば、ある美容皮膚科クリニックで1年間に美容施術や自費販売で計1,200万円（税込）の収入があったとします（消費税込み売上なので税抜では約1,091万円）。この場合、税抜換算で課税売上高が1,000万円超となるため、基準に該当し課税事業者となります。一方、自由診療収入が少なく年間税抜ベースで900万円程度であれば課税売上高1,000万円以下となり、その年は消費税の納税義務は生じません（免税事業者として扱われます）。

ただし、注意すべきなのは納税義務の判定は「その年の売上」ではなく「基準期間」と呼ばれる過去の期間に基づくことです。個人開業医の場合は通常「前々年」の課税売上高、法人クリニックの場合は「前々事業年度」の課税売上高が1,000万円を超えたかどうかで判定します。例えば令和5年の個人クリニックは、基準期間である令和3年のの課税売上が1,000万円を超えていれば令和5年は課税事業者となります。また、新規開業の場合や前々年が存在しない場合には、「特定期間」（通常、個人なら前年1月1日から6月30日、法人なら前事業年度開始後6ヶ月間）の売上や給与支払額で補足的に判定する仕組みもあります。少々複雑ですが、基本は2年前に課税売上が1,000万円超ならその年は消費税を納める義務があると覚えておきましょう。

「1,000万円の壁」を意識した経営も重要です。開業当初は自由診療収入が少なく免税事業者だったクリニックも、口コミや施術メニュー拡充で売上が伸びればいずれ消費税の申告・納税が必要になります。売上が大きくなるのは喜ばしいことですが、消費税分の資金繰りにも気を配る必要があります。一方で、戦略的に売上を1,000万円未満に抑えて免税事業者のままでいる選択をするケースもあります。特に地方の小規模クリニックなどで、あえて規模を拡大せず院長先生一人で無理なく経営するスタイルでは、消費税の事務負担を増やさないメリットも考えられます。ただ、この場合も経費に含まれる消費税は戻ってこない（免税事業者は仕入税額控除ができません）ため、機器購入等で損をしている可能性があります。適正な事業規模の見極めと消費税負担のバランスは専門家と相談しながら判断すると良いでしょう。

2023年10月から、日本でも**インボイス制度（適格請求書等保存方式）がスタートしました。これは消費税の仕入税額控除を受けるために“適格請求書（インボイス）”の発行・保存を求める新ルールです。自由診療クリニックにとっても無縁ではありません。この章では、インボイス制度の概要とクリニック経営への影響、そして実際に院長先生が取るべき具体的な対応手順を解説します。

インボイス制度の概要とクリニックへの影響

インボイス制度とは、事業者間取引において適用税率や消費税額を正確に記載した請求書（インボイス）を発行・保存する制度です。適格請求書には発行事業者の登録番号、取引ごとの適用税率と税額、税込価格から税額を計算した内訳などが記載されます。制度導入の目的は、消費税の課税をより適正に行うことで、公平な税負担を実現することです。

美容クリニックなど医療機関の場合、保険診療収入は非課税取引なのでインボイス制度の影響を直接は受けません。しかし、自由診療や物販収入がある場合にはインボイス制度が関係してきます。クリニックが消費税の課税事業者であれば、2023年10月以降、患者さんや取引先に対して適格請求書の発行が求められる場面が出てきます。

もっとも、実際には美容クリニックの患者さんは一般消費者が中心であるため、患者さん側から「インボイスを発行してほしい」と求められるケースは少ないでしょう。個人の患者さんは消費税の仕入控除とは無縁なので、インボイスがなくても困らないためです。ただし、クリニックが法人や事業者と取引する場合には注意が必要です。例えば、企業の福利厚生で従業員に美容施術を提供する契約や、他院からの委託で健康診断を実施する場合、取引先は経費の消費税控除を受けるために適格請求書を求めてくる可能性があります。また、クリニックが院内で販売している化粧品をエステサロンなど他事業者に卸すようなケースでも、相手方はインボイスを必要とするでしょう。

一方、クリニックが支払う側（仕入れ側）の影響も見逃せません。美容クリニックでは高額な医療機器の購入や、化粧品の仕入れ、外部の技師・カウンセラーへの業務委託など、さまざまな経費に消費税が含まれています。インボイス制度開始後は、これらの経費について適格請求書を受け取らないと原則として仕入税額控除ができなくなるため、実質的なコスト増となります。例えば、レーザー機器を販売する業者が免税事業者（課税売上1,000万円以下）でインボイス未登録の場合、その業者から発行される請求書ではクリニック側は消費税の控除ができません。結果として、機器代の一部（消費税相当額）を余分に負担する形になります。（※当面は経過措置により一部控除可）

要するに、自由診療クリニックにとってインボイス制度は「消費税のやり取りに透明性と厳格さが求められるようになる」ものです。課税事業者として適格請求書発行事業者の登録をするかどうか、取引先（仕入先）がインボイスに対応しているか、これらをしっかり検討・確認する必要があります。インボイス制度導入による事務負担増（請求書発行業務や帳簿管理の複雑化）も予想されるため、院長先生としては早めの対応準備が肝心です。

では、自由診療クリニックがインボイス制度に対応するために取るべき具体的な手順を、順を追って説明します。

1. 課税事業者かどうかの確認と登録検討
   まず自院が現在課税事業者かどうか確認しましょう。課税事業者であれば税務署に適格請求書発行事業者の登録申請を行い、登録を受けます。一方、免税事業者（例えば、基準期間の課税売上1,000万円以下）の場合、インボイス発行事業者となるかは任意です。患者さんが個人中心なら未登録でも大きな支障はありませんが、法人取引の有無や今後課税事業者になる見込みを踏まえて検討してください。免税事業者が登録を希望する場合は、税務署に課税事業者選択届出書を提出し課税事業者となった上で、適格請求書発行事業者の登録申請を行います。
2. 適格請求書発行事業者の登録番号取得
   税務署で登録が完了すると、適格請求書発行事業者の登録番号が付与されます。この登録番号はインボイスに必ず記載しなければならない重要な番号です。番号は国税庁の公表サイトにも掲載され、取引先が検索できるようになります。自院の登録番号は必ず把握し、経理担当者や受付スタッフと共有してください。
3. 請求書・領収書様式の見直し
   患者さんや取引先に発行する領収書や請求書のフォーマットを、インボイス制度対応の様式に変更します。具体的には、これまでの領収書に登録番号、取引年月日、取引内容、税率ごとの金額と消費税額を追記する形になります。多くのクリニックでは医療会計ソフトやレジを使用して領収書を出していますが、メーカーからのアップデート提供がある場合は適切に対応しましょう。ExcelやWordなどで作成している既存の雛形を修正する際は漏れがないよう注意が必要です。
4. 院内オペレーションの周知
   インボイス対応後は、受付や会計担当スタッフにも新しい対応を徹底してもらう必要があります。具体的には、法人患者や事業者から領収書発行を求められた際に適格請求書として発行できるよう社内手順を整えます。領収書発行時に税率・税額が正しく表示されているか、登録番号の記載漏れがないかをスタッフが確認するルールを作りましょう。また、患者さんから問い合わせがあった場合にインボイス制度について簡潔に説明できるよう、スタッフ向けのQ&Aも用意しておくと安心です。
5. 仕入先・外注先のインボイス対応状況の確認
   クリニックが支払う側の対応として、主要な仕入先や外部委託先がインボイス発行事業者かどうかを確認しましょう。医療機器メーカー、消耗品の仕入先、薬品や美容商品の卸業者、フリーランスの非常勤ドクターやカウンセラーなど、取引先が免税事業者でインボイス未対応だと、今後その支払いにかかる消費税を控除できなくなります。大手業者はほぼ登録していますが、個人事業主の外注スタッフなどは未登録の可能性があります。その場合、今後の契約条件の見直しや相手方への登録依頼なども検討が必要です。
6. 帳簿・申告の体制整備
   インボイス制度下では、消費税申告時に適格請求書に基づいた帳簿保存が求められます。クリニックの経理担当者や税理士と連携し、会計ソフト上で適格請求書の要件を満たす項目（取引先の登録番号や区分経理）を記録する運用に切り替えましょう。もし簡易課税制度を選択している場合、受け取った請求書の細かなチェックは不要ですが、原則課税で計算する場合は請求書一枚一枚の内容確認が不可欠です。不備があると控除が認められないため、受領インボイスの管理方法も整備します。なお、2023年10月1日～2026年9月30日の期間は、新たに課税事業者になった場合に納税額を売上税額の20%にできる「2割特例」があります（届出不要、申告書に記載で適用可）。ぜひ活用しましょう。

ここからは、自由診療クリニックならではの消費税に関する論点や注意点を見ていきましょう。美容医療における具体的な課税対象の例や、経費処理の際に気をつけるべきポイントなど、一般の事業者とは異なる視点で解説します。

美容皮膚科・美容整形など美容医療分野では、提供するサービスや商品の多くが消費税課税の対象になります。ここでは自由診療クリニックでよく見られる具体例を挙げてみましょう。

• 美容整形手術: 二重瞼形成、隆鼻術、フェイスリフトなどの美容外科手術は公的保険適用外であり、患者さんから受け取る手術代金には消費税が課税されます。高額な手術になると消費税額も大きくなるため、料金設定時には税額を意識しておく必要があります。
• 美容皮膚科治療: レーザー脱毛、フォトフェイシャル、ケミカルピーリング、ボトックス・ヒアルロン酸注射、PRP療法など、美容目的の皮膚治療はすべて課税対象です。例えばレーザー脱毛コース料金50万円の場合、その中に含まれる消費税（10%）は約5万円となります。
• 自費の検診・検査: 肌年齢測定や遺伝子検査、血液検査による美容カウンセリングなど、自費で提供する検査・検診サービスも課税対象です。人間ドックやアンチエイジング目的の検診パッケージなども同様に課税されます。
• 予防接種・投薬: インフルエンザワクチン接種や、HPVワクチンなど公的補助のない予防接種は課税対象です。また、美容目的で処方するビタミン注射やプラセンタ注射、ピルの自費処方なども消費税がかかります。院内で調剤する美容クリームやピーリング剤の処方も課税対象となります。
• 物品販売: 美容クリニックではホームケア用の基礎化粧品、サプリメント、美容機器（美顔器など）を販売することがありますが、これらの商品販売収入は当然ながら消費税課税取引です。

以上のように、美容医療クリニックが患者さんから対価を得る施術・サービス・商品はほぼすべて消費税の課税対象と考えて間違いありません。ただし、一部例外も存在します。例えば、医師の判断で行うニキビ治療やシミ取りが美容目的であっても、症状によっては保険適用となるケースがあります（炎症性ニキビ治療等）。その場合、その部分の収入は非課税となります。また、混合診療（保険診療と保険外の併用療養）における患者自己負担分については課税扱いになる項目もあるため注意が必要です。美容クリニックではあまり発生しませんが、診療報酬に上乗せする自由診療部分がある場合は、それが課税か非課税か個別に確認しましょう。

消費税は「売上」にだけでなく、「仕入（経費）」にも関係します。自由診療クリニックを経営する上で発生する様々な経費の中には消費税が含まれており、課税事業者であればその消費税分（仕入税額）の控除を受けることが可能です。ただし、経費の性質やクリニックの課税・非課税売上割合によって、処理に注意が必要な点があります。

まず、クリニックの経費には大きく分けて以下のようなものがあります。

• 人件費（給与・報酬）: 医師やスタッフへの給与・賞与など人件費には消費税がかかりません（課税対象外）ので、消費税計算には影響しません。ただし、外部の非常勤医師やカウンセラー等に業務委託料を支払う場合は課税取引となり、その支払に含まれる消費税は控除可能です（※適格請求書が必要）。
• 医薬品・衛生材料費: 治療に用いる薬剤やフィラー（ヒアルロン酸等）、麻酔薬、ガーゼ・注射器などの衛生材料は、仕入時に消費税が課されています。課税事業者であるクリニックは、それらの購入に含まれる消費税を仕入税額控除できます。ただし、その薬剤や材料を使った診療がすべて非課税（保険診療）だと、対応する仕入税額控除は受けられない点に注意が必要です。例えば、保険診療用の湿疹薬を仕入れても、その売上は非課税なので仕入税額は控除できません。一方、美容施術用のボトックス薬剤の仕入れは、その施術収入が課税なので全額控除可能です。このように、経費と売上の対応関係にも留意する必要があります。
• 医療機器・減価償却資産: レーザー治療器、超音波機器、美容機器、パソコンや医療用ベッド等の設備を購入すると、高額な消費税を支払うことになります。課税事業者であればこれら設備投資の消費税はまとまった仕入税額控除として返ってきます。しかし、開業初年度などで課税売上が少ない時期に高額機器を購入した場合、支払った消費税の方が預かった消費税より多くなり、消費税の還付を受けられるケースもあります。免税事業者だとこの還付が受けられず、例えば1,000万円の機器に対する100万円の消費税をそのまま負担することになるため大きな差です。機器購入のタイミングと課税事業者選択の有無は、クリニックの資金計画に影響します。
• 家賃・光熱費・その他経費: クリニックの賃料や電気・水道などの光熱費、広告宣伝費など多くの経費には消費税が含まれており、課税事業者であればそれらの消費税は控除できます。
  （なお、保険診療収入しかないクリニックでは課税事業者にならないため、一部経費の消費税が戻ってこない「損」が生じる点も覚えておきましょう。）

上記のように、課税事業者であればクリニック経費に含まれる消費税の多くは取り戻す（控除する）ことができます。ただし、ここで重要なのがクリニックの売上構成による「控除できる割合」の問題です。もしクリニックの売上が全て自由診療（課税）であれば、経費の消費税は基本的に全額控除できます。しかし保険診療収入（非課税売上）と自由診療収入（課税売上）が混在している場合、経費に含まれる消費税のうち非課税売上に対応する部分は控除できません。たとえば、売上の半分が保険診療、半分が美容診療というクリニックなら、共通経費の消費税は按分計算で半分しか控除できないといった処理になります。この按分計算は税法上定められた方法（個別対応方式や一括比例配分方式）で行う必要があり、計算を誤ると消費税の過大払いや過少申告につながるため注意が必要です。

最後に、経費処理での注意点をまとめます。

• 免税事業者期間の経費は控除不可: 開業直後などで免税事業者だった期間の経費について支払った消費税は戻ってきません。免税期間中でも領収書はしっかり保存し、後に課税事業者になった際に経費の増減を分析できるようにしましょう。
• 簡易課税制度の検討: 前々期課税売上が5,000万円以下のクリニックは、消費税計算で簡易課税制度を選択できます。美容クリニックは第5種事業（サービス業等）の区分となり、みなし仕入率50%が適用されます。もし経費率が低く実際の仕入税額控除が少ないクリニックなら、簡易課税を使うことで消費税負担が軽減できる場合があります。一方、大型機器購入の年など実額控除の方が有利なときもありますので、原則課税と簡易課税どちらが得か毎期シミュレーションすることをおすすめします。
• 経理体制の整備: 消費税の経理処理は専門性が高いため、可能であれば医療業界に強い税理士のサポートを受けましょう。特に自由診療と保険診療の混在するクリニックでは、按分計算や非課税売上の取扱いで専門知識が求められます。当事務所のように美容クリニックの経理に精通している税理士に依頼いただければ、煩雑な消費税処理も安心です。適切な処理をしておけば税務調査でも指摘を受けにくくなります。

税務調査について詳しくは下記のページをご覧ください。

開業を目前に控えた美容クリニックでは、消費税の準備も計画に入れておきましょう。開業形態（個人or法人）によって初期の消費税免税措置に差があります。個人開業なら開業初年は免税、法人でも拠出金1,000万円未満なら設立後2期は免税となります。免税期間を活かしつつ、開業時の高額設備投資（医療機器購入など）の消費税還付を受けるか検討が必要です。たとえば開業時に高価なレーザー機器を購入する際、初年度からあえて課税事業者となれば支払った消費税の還付を受けられますが、免税のままだと還付は受け取れません。

また、施術料金の設定では消費税を念頭に置き、開業当初から税込表示・税込価格で運営すると安心です。さらに、記帳や青色申告の準備も怠りなく行いましょう。 税務の基礎を整えることで、将来的な消費税申告もスムーズになります。開業に向けて不安があれば当事務所の開業支援サービスもご利用ください。
青色申告について詳しくは下記のページをご覧ください。

開業支援について詳しくは下記のページをご覧ください。

個人経営の美容クリニックでは、**消費税の壁（売上1,000万円）**を意識した経営が求められます。開業後しばらくは免税事業者としてスタートし、自由診療の売上が伸びて課税売上1,000万円に近づいたら、早めに課税事業者への移行準備を行います。具体的には、税込価格への切替や領収書様式の修正などを事前に行い、患者さんに混乱を与えないようにします。課税事業者になった後は、簡易課税制度の活用も検討しましょう。経費が少なめのクリニックでは簡易課税を選ぶことで消費税負担が軽くなる場合があります。

また、経理専門スタッフがいない場合も多いため、消費税分の資金管理は院長先生ご自身でしっかり行う必要があります。毎月の売上に含まれる消費税を別途管理し、納税資金を確保しておきましょう。さらに、事業の拡大で所得税負担が大きくなってきたら医療法人化（法人化）も視野に入れてください。法人化することで改めて2年間の免税メリットを得ることができ、トータルの税負担が抑えられることもあります。法人化について詳しくは下記のページをご覧ください。

都心部で法人化済みの美容クリニックは、すでに消費税の申告・納税を行っているでしょう。この段階では、正確な消費税申告と管理が重要なテーマです。課税売上・非課税売上の区分記帳、仕入税額控除の適切な計算など、煩雑な処理を専門の税理士と連携して確実に行いましょう。インボイス制度にも対応し、帳簿や請求書の保存要件も満たしておく必要があります。

また、高額な設備投資を行う際には、消費税還付を念頭に置いたスケジューリングを検討できます。例えば、期末に大型の美容機器を導入する場合、売上計上のタイミングを調整することで還付を受けやすくするといった策です。ただし、あまりに露骨な対策は税務調査で指摘される可能性もあります。普段から適切に処理を行い、いざという時も税務調査に耐えうる体制を整えておきましょう。税務調査について詳しくは下記のページをご覧ください。

複数の院を運営するクリニックグループでは、グループ内の消費税管理が一層重要になります。例えば、本部がまとめて購入した医療機器や薬剤を各院に配布する際には、それぞれの院で適正に仕入計上し、消費税控除の漏れがないようにしましょう。また、グループ全体で納税資金を確保し、どの院も納税に支障が出ないようキャッシュフローを管理することも欠かせません。

さらに、新しい院を別の医療法人としてオープンする際には、その新設法人（または新規事業）の免税期間の活用を検討する価値があります。グループ戦略として税負担を分散することも可能ですが、全体の経営バランスと手間を考慮して判断する必要があります。複雑な税務戦略も、当事務所がしっかりサポートいたします。分院展開について詳しくは下記のページをご覧ください。

当事務所はフルリモート対応で全国どこからでもご利用いただけます。東京はもちろん地方のクリニックでも、オンライン会議やクラウド会計でスムーズに連携可能です。忙しい院長先生も移動の負担なく専門サポートが受けられます。

私たちは日頃から正確な帳簿と申告をサポートし、いざという時の税務調査対策にも万全を期しています。領収書やインボイスの管理体制を整えることで調査に備え、必要な場合は税理士が調査に立ち会い対応します。また、節税対策にも積極的で、簡易課税の選択や医療法人化のタイミングなど様々なご提案が可能です。
税務調査について詳しくは下記のページをご覧ください。

節税対策について詳しくは下記のページをご覧ください。

消費税や経営に関するお悩みは、まず初回無料相談をご利用ください。当事務所が丁寧にヒアリングし、最適なアドバイスをいたします。契約後も、夜間・週末を含め先生のご都合に合わせてご相談に応じるなど柔軟な対応をお約束します。「税理士法人加美税理士事務所」は、先生方の強い味方として自由診療クリニックの発展を支えます。